微生物群落基于KEGG预测功能的丰度分布图绘制

微生物群落基于KEGG预测功能的丰度分布图绘制

因为目的是获得所有样本中的主要功能,因此绘图数据需要提前计算一下每一个代谢路径在所有样本中的平均丰度。

图像绘制

使用ggplot2的分面模式来展示不同代谢路径所属的第一层KEGG信息,应用条形图表示每一个代谢路径的相对丰度。

首先导入分析数据。

这里有一点需要说明,因为KEGG第一层分类中有几个分类的名字特别长,因此需要处理一下,使其能够实现自动换行

接下来就可以画图了。

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来源:刘永鑫Adam

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