分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果

接前文：

分子对接教程 | (1) 软件安装准备

分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体

分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换

分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理

分子对接教程 | (5) 配体小分子的预处理

分子对接教程 | (6) AutoDock对接操作与对接结果解读

分子对接教程 | (7) AutoDock对接中易错问题

在介绍之前，先简单介绍一下这个软件，虽然前面我们简单的使用，但没有过多介绍，这里就简单介绍一下，具体细节上的东西，需要你不断使用，才能熟悉。下面是软件界面。

或者通过命令来实现，这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。

• 1个是all, all 不是真实的object,它代表了所有的object

• 1个是1e8y ，1e8y就是我们刚刚载入的蛋白

每个object 都有对应的A S H L C操作：

A：代表Action ，主要包含了对object的常用操作的集合，如 复制、删除object,对object加氢，展示Object等，

S：代表Show ，将object 渲染成cartoon 、line、stick lines sphere surface mesh dots ribbon 等模式

H：Hide 根据object的状态或者描述进行相应的掩藏

L：Label 显示object中残基、原子等名称或者属性

C：Color 对Object 进行着色

知道这些，里面的内容多试试几次就知道怎么回事啦。比如下面2种操作。

• 点击 A->preset->simple 显示蛋白的简单形式

再如下面的一些操作介绍；

L->residue 在α碳原子上标记其残基名字和编号 （常用）

L->residue name 在所有原子上标记残基名字 （不常用）

L->clear 删除该对象上所有的Label

L->element symbol 显示对象上所有原子的元素名字

L->vdw radius 看原子的范德华半径

3.可视化窗口操作

• 平移，按住鼠标中键不放，然后上下左右移动，进行体会，蛋白会随着鼠标而移动

• 旋转，按住鼠标左键不放，然后上下左右移动鼠标，蛋白会进行旋转

• 缩放，按住鼠标右键不放，然后上下移动，蛋白会进行缩放

• 切割 滚动鼠标中键， 建议将蛋白渲染成surface模式，然后滚动鼠标中键

多的不介绍了，B站有很多视频教程，这里我给大家找到了一个文本教程。http://pymol.chenzhaoqiang.com/ ，对作者的贡献表示感谢。

下面我们就简单处理一下我们前面对接的结果

4.对接结果简单处理演示

我们前面对接的结果文件，result.pdbqt，我们同样用OpenBabel这个软件转换成pdb格式。

我下面通过命令又将protein改为p。

Selecting 处切换到残基。

我这里把名称改成了ligand，我们选中小分子，按下图选择，让小分子显示氢键。

接下来我们显示这4个氢键对接在氨基酸上的那几个残基上。首先，点击蛋白质（p）的S，点击sticks。

然后我们放大(长按鼠标右键拖动），旋转到合适角度，可以看见。

同样将残基改一个名字，我这里是rr。

在p中的H点击sticks，将蛋白的棍状结构隐藏起来。

我们可以给残基换一个颜色(C)。

可以保存文件编辑好的图片。

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来源：【云森】