R 学习 – 富集分析泡泡图回应

R语言学习 – 富集分析泡泡图 刚一出品，Y叔就说有硬伤。Y叔是著名富集分析软件的原创，而且软件内集成, , (后续也实现这两个的一步出图)等画图方法，具体看这个教程 http://guangchuangyu.github.io/2016/01/go-analysis-using-clusterprofiler/ 或Biobabble公众号。

这个意见得重视，不过大夏天的，锅还是不能背着，回应下Y叔的回应。

一个command出图，小白上点心可以的

图是画的 (散点图)，在脚本功能描述里有写。只需要在终端输入脚本的名字 (脚本需在环境变量中) 就可以看到脚本功能描述、输入文件样例、参数列表和使用例子。

目前脚本的输入是不支持Windows的Excel格式的，只支持TAB分割的文本文件。之前一直在Linux下工作，文件名都不写后缀的。后来跟Windows用户打交道多，为了方便他们打开，强行加了后缀，这一点有误导。

脚本依赖，这是应该做一个判断和提示的。但有却提示包或其它包不存在，是可以用来自动安装包的。(最近在跟德春合作，完善包的自动检测和安装，最后一起整合在分发包。)

Y叔的这两点确实戳中了当前文档信息不完善的弱点，也希望大家多反映使用过程中的问题，帮助我们改进文档。

不过话说回来，如果仔细看了当前脚本的功能描述和参数提示，上点心得小白不只可以一步画图，还可以随意调整样式。

不只clusterprofiler的用户需要

如果用做富集分析，输出结果，那么输入文件、、都有了，一步出图没有问题。(Windows下没bashttps://mp.weixin.qq.com/s/g1twNEsPWZb_tZFDyoTqVQ，看这里)

Y叔说既然有了，一步步在R里面做不是很好，为啥要把数据导出来/p>

首先，转换数据、存储数据这一步是独立于作图的。图只能显示部分数据 (这点Y叔也有提到，用了会好些，但也还会有不少通路)，所有富集条目导出作为文章附表，以显示信息的全面和真实。

其次，即便可以画出所有富集数据 (用一副大图)，也会先对结果做下筛选，一些特别基础的、极父层的生物富集通路也会选择不展示，优先展示样品属性更相关的。毕竟是看在哪些通路里面富集，不是看在哪些通路里面最富集。所以需要导出数据，做下筛选，然后一步绘图。

再次，不少人拿到的是已经做好的富集分析结果 (可能是的，也可能是其它软件的)，总不能再导入绘图吧，可以有更简单的方式的。

最后，一个图做出来，需要反复修改。今天用做了富集分析，运用配合不同参数出了图；过几天心情一变，想换个风格了，怎么办运行一次还是加载之前存储的。好像都不太方便，还是用导出的文本一步出图吧。

关于硬伤

示例图中没有不是绘图脚本的问题，是数据筛选的问题。脚本如实反映筛选出的数据。如果选择的通路在一个基因集合富集，另外一个不富集，就不显示；如果选择的通路是在多个基因集中都富集的，但富集程度不同，是可以显示的; 而且这些通路会优先显示在图的上部，下面我会给出例子。

一步出图也可以定制

说到互动，一步出图不只可以，而且还可以记录互动 (给每个输出文件加个唯一的字符串做为文件名的一部分就可以了，不过这个没用到，之前就没写这个参数)。

拿Y叔的数据做个例子

在样品名中包含差异基因的数目

首先出第一个图，很简单，一个命令，设置下颜色。

图略有不同，是因为排序的方式不同。设置的是先按照出现在不同样品最多的条目优先的策略，可以清晰的看到哪些是不同基因集共同富集的，哪些是不同基因集特异富集的。其它的都一样。当然没有设置字体参数，字体略小了些。

改变下形状，也可以啊。程序中都留有一个参数可以写入语句，就是下面的。那么，能修改的样式也都可以。常用的修改会做成一个参数，不常用的就只能直接写命令了。能在Rstudio里面敲，那么也能在命令行敲。

-z “+ any legal ggplot2 command”

当然这一步也可以不通过增加ggplot2语句来实现，在数据中加一列就好了，通过指定参数。

不加语句, 只修改命令行参数，也可以调整图例的位置、输出文件的格式、是否对p.adj取log、是否分面等。

一步作图的优势

一步作图相比于直接写R代码有什么好处呢/p>

1. 模块化好。也就是Y叔提到的数据处理和可视化分开；一步作图，只是作图，不做无关的处理，更随意。

2. 易用性强。敲代码，总不如给改数来得快。

3. 重用性强。假如我要做十几个分开的基因集合呢段段复制代码错了或忘记改某个地方了怎么办/p>

4. 快速出图。先快速出个原型，再接着调整。

生信宝典，一起换个角度学生信

http://mp.weixin.qq.com/s_biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247484063&idx=1&sn=f4e93d428e4910b4abbee9c0430cd170&chksm=ec0dc715db7a4e0318b388ba2ab3d51677741421c42ada474a0ac6046a0699283014eae84b6f#rd

来源：生信宝典