Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

• • 软件管理器conda
    • 选择一、Anaconda安装 603Mb
    • 选择二、Miniconda安装 38Mb
    • Codna配置
    • Conda安装软件
    • 指定虚拟环境、python版本和软件版本安装
    • 查看己安装软件的版本和依赖关系
  • Reference
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Bioconda是生物软件库，可以利用Conda快速安装绝大多数生物学软件，让生物学家从复杂的版本和依赖关系中解脱出来，专心数据分析。

Bioconda主页：https://bioconda.github.io/

想查询要使用的软件及指定版本是否己被Bioconda收录，可访问 https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes 查询：

有详细的安装和升级说明，而且还有Docker镜像，即使你安装不成功，也可以使用Docker方式来使用软件。这一点非常重要，因为conda也会存在依赖关系无法解决的情况，或安装完仍存在问题。但Docker是不存在外部依赖问题的，成功率更高。

想使用Bioconda，你需要先安装Conda。

软件管理器conda

选择二、Miniconda安装 38Mb

按提示Enter回车、输入yes同意许可协议、默认安装目录为~/miniconda2回车即可；安装结束后提示添加环境变量，一般选no，否则可能会破坏你之前安装的软件依赖关系。如果你是新用户，没什么软件可破坏的，请选yes添加以后使用更方便。

如上面选择no，以后想使用conda，还要执行下面一句话临时添加conda为环境变量

Codna配置

主要是该软件的依赖关系，及依赖关系下载地点，输入回车，等着安装完成即可。

对于依赖上百个软件和包的流程，一键安装成功，那叫一个字“爽”!轻松节约你原来几天的时间。

conda可以轻松安装众多宏基因组领域软件

指定虚拟环境、python版本和软件版本安装

有时为了之前安装的软件依赖关系不被影响，或默认安装时无法满足依赖关系时，就需要新建虚拟环境，并指定版本来安装。以kneaddata为例，这是一个质控、去宿主和流程依赖很多。如果你原来是Python3，则需要虚拟环境中安装Python2.7才能运行成功。

显示安装的指定版本和依赖关系，这个不少吧，共31个软件和包，这要是之前自己装，可能3天都不一定搞得定。

来源：刘永鑫Adam