Cytoscape软件使用之STRING的PPI文本文件导入画连通图

最近在用cytoscape软件分析我DGEs的蛋白互作网络图，用到了这个软件中的节点和边的设置，以及网络节点根据各种算法来布局。下面我将按照五个部分来介绍，分别是数据导入，节点设置，边设置，布局展示，图片/文件导出。说明下我的cytoscape是3.7.1的，安装的时候java环境是jdk8

一、数据导入 

        1、我们事先在STRING网站输入已经整理好的差异表达基因，然后会生成一个网络图，同时生成一个.tsv的文件，把这个文件下载下来，用Excel打开，里面就有我们连通的节点，以及其他属性。其中有个combined_score这个列名后续我们边设置需要。

        2、在导入的选项里，若你的导入文件第一行是列名，就要勾选“Use first line as column names”，导入的文件会根据列名自动匹配它是什么类型，比如.tsv文件导入，它的第一行是列名，那我们的“Use first line as column names”这个选项会自动勾选，第一列是source node，就是绿色的圆点，后面的列名根据属于节点还是边的属性，可以自己调整图标。

二、节点设置

        1、这个是cytoscape的核心了，我们如果想要节点的形状，是否有边，以及标签显示，都是用这个功能。在我的数据里，我要展示节点的上调基因和下调基因情况，我用的就是根据颜色区分，这里就要用到“Fill Color”这个功能。在设置节点的各种展示属性时，我们要先弄个节点属性文件，文件里面包含的是你要在节点上赋值展示的属性。以我的数据为例，我要显示该基因属于哪一对同胞对，以及该基因的上下调，那我的节点文件就需要这两列。

        2、节点文件导入，这里导入就要选择“table form file”，以下图为例，如果你有多个网络，那就要选择导入哪一个。前面导入的网络，要想知道节点的度，用图例的方法，点击analyze network。

       3、文件导入了，我们可以根据自己想要的来设置节点。我首先是颜色填充，通过node_expres属性，选择Discrete Mapping，离散映射，down选择蓝色，up选择红色。而基因名的显示在正下方，通过label position调整，同样label大小，颜色都可以选择。节点的形状选择shape来展示。节点也有边可以有颜色，各种样式选择。

       4、由于我想要展示基因属于哪一对，我用了Image/Chart1这个属性来设置，有些属性style里可能没有展示出来，可以点击“properties”勾选你要的。

       有了Image这个属性，我可以在节点里面展示bar、pie、ring图等，打开这个属性，看到这个界面，这里我用的是每个基因在不同对中的MDD/CON值，同时每对颜色不同，所以我把我需要展示的属性添加到右边。最终会得到我用颜色表示这个基因属于哪一对。

三、边的设置

       边其实我要用到的就是combined_score，用这个属性来设置边的颜色渐变，以及边的粗细渐变，我的例子中，只用边的粗细来渐变。边粗细设置中，最小和最大值是我的文件里combine_score的最小最大值。边还可以设置透明度，边也有label，根据自己需要来设置。

四、布局展示

        1、选择layout，会显示出多个选项，前三个是手动调整局部外观。后面的就是对应不同算法的布局。我用的是“attribute circle layout”，得到的结果是根据你选择的那个属性环形展示。在我的子网络里，我首先在大网络中选择一个核心基因，然后点击

        2、我尝试用过“attribute circle layout”，选择按照“node_belong”来布局，得到的就是按照基因属于的类别环形排列；我也用过“group attribute layout”，也是选择“node_belong”，展示的图片不是我想要的。

这个布局详细的介绍有一篇文章比我细致：http://www.360doc.com/content/19/1013/13/52645714_866517262.shtml

五、图片/文件导出

每次做出来展示结果，要导出选择export，一般是选择图片导出。图片导出建议size选择最大，根据需要导出PDF、PNG、SVG等。不过要注意导出的时候窗口有预览图，预览图要有整个图显示，要不然导出的图片就会是部分。

六、插件使用

软件有个app，点击可以安装你要的插件，我们安装GlueGO可以进行GO分析，也有一篇文章介绍：http://www.360doc.com/content/19/0410/14/42030643_827695183.shtml

参考的文章：http://www.360doc.com/content/18/0207/11/50153987_728329207.shtml（讲了软件基本使用）

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来源：铭&婵旭