文章目录

• Prokaryotic gene feature
• What is Prodigal/li>
• Installing Prodigal
• • Installing on Mac OS X
  • Installing on Generic Unix
  • Installing on Windows
• Usage
• Advice By Input Type
• • Finished Genomes
  • Draft Genomes
  • Metagenomes
  • Alternate Genetic Codes
  • Organisms with Gene Decay
  • Plasmids, Phages, Viruses, and Other Short Sequences
• Understanding the Prodigal Output
• • Gene Coordinates
  • Protein Translations
  • Nucleotide Sequences
  • 早期版本:Gene Prediction Modes
  • Normal Mode
  • Anonymous Mode
  • Training Mode
• 耗时
• 统计全长基因
• 参考

Prokaryotic gene feature

• 原核生物mRNA的5’端无帽子结构，3’端没有或只有较短的多聚（A）结构
• 原核生物起始密码子AUG上游有一被称为Ribosome Binding Site (RBS)或SD序列（Shine –Dalgarno sequence）的保守区，该序列与16S-rRNA 3’端反向互补，被认为在核糖体-mRNA的结合过程中起作用
• 原核生物常以AUG（有时GUG，甚至UUG）作为起始密码子;真核生物几乎永远以AUG作为起始密码子
• 半衰期短：原核生物中，mRNA的转录和翻译是在同一个细胞空间里同步进行的，蛋白质合成往往在mRNA刚开始转录时就被引发了；大多数细菌mRNA在转录开始1分钟后就开始降解
• 许多原核生物mRNA以多顺反子的形式存在：原核细胞的mRNA(包括病毒)有时可以同时编码几个多肽
  单顺反子mRNA (monocistronic mRNA):只编码一个蛋白质的mRNA
  多顺反子mRNA(polycistronic mRNA):编码多个蛋白质的mRNA
  
  

  早期版本:Gene Prediction Modes

  三种预测模式:Normal Mode/ Anonymous Mode/ Training Mode
  这些方法中哪一种适合您的序列取决于您要分析的数据集类型。当你有足够的数据可以训练时，你就应该使用普通模式(100k bp+用于3’预测，500k bp+用于5’预测，这是安全的数字，尽管你可以使用更少的数据)。匿名模式应用于元基因组数据集，或用于太短而不能提供良好训练数据的序列。
  不同模式的特点:

  来源：Neptuneyut

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