使用PyMOL绘制蛋白与配体分子结合模式图

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摘要

本文将带大家使用免费开源的PyMOL软件绘制D715-2441蛋白与与PB2cap配体分子的结合模式图。

我们先来看一张成品图：

3 设置关键残基对象

关键残基包括：A链的K339、H357、E361、K376和F404。由于该蛋白只有一条链，在使用命令选择残基时，可以不用指定链名。按照下图顺序，将关键残基设置为res对象。

然后，进行鼠标操作：
然后，点击PyMOL菜单栏的Wizard -> Measurement，然后根据示意图点击刚才创建的小球，两两一组，便画出虚线（相应地，生成对象measure01~05）。
6 最后加工
为方便调整，也为图片规格符合要求（通常，出版社要求全版图片宽度≤2000像素，半版图片宽度≤1000像素，分辨率≥300 dpi），我们将PyMOL界面放大或靠边最大化，并将上半部分的对话框往上拉到最小，让视图最大。然后放大、摆动视图至合适的角度，使尽可能清晰地看到各关键细节。

基本的创建工作已经完成，接下来进行细致的修饰。

还可移动label的位置（设置Mouse Mode为Editing模式后，按住Ctrl键，用鼠标左键或右键拖动label；必要时，可先将cartoo隐藏起来，等调整好label后，再显示出来），让视图更清晰。经过上述一系列操作，得到下图：

至此，我们拿到3张图片：focus.png、label.png和overview.png。

说明

本文由生化环材摘编自高质量PyMOL作图教程，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议。

来源：生化环材