真核生物中mRNA的各种化学修饰（Roundtree et al. Cell, 2017）
m6A甲基化的生物学通路及相关功能（Lee et al. Cell, 2014）
既然m6A甲基化具有这么重要的功能，且现在研究非常火爆，那我们是否可以预测RNA中的哪些位点会发生潜在的m6A甲基化呢，然后再决定是否有必要继续做相应的实验来验证呢。答案是肯定的！接下来，我们就讲一下有哪些软件或在线工具可以直接根据序列就预测RNA中潜在的m6A甲基化位点。
目前，已经有多个工具相继被开发出来预测RNA中的m6A甲基化位点，这些工具按文章发表时间顺序主要有（更多精彩请关注微信公众号：AIPuFuBio）：
1. iRNA-Methyl
软件地址：http://lin.uestc.edu.cn/server/iRNA-Methyl
发表文章：Chen et al. iRNA-Methyl: Identifying N(6)-methyladenosine sites using pseudo nucleotide composition. Analytical Biochemistry，2015
2. SRAMP
软件地址：http://www.cuilab.cn/sramp/
发表文章：Zhou et al. SRAMP: prediction of mammalian N6-methyladenosine (m6A) sites based on sequence-derived features. Nucleic Acids Research, 2016
3. iRNAm5C-PseDNC
软件地址：http://www.jci-bioinfo.cn/iRNAm5C-PseDNC
发表文章：Qiu et al. iRNAm5C-PseDNC: identifying RNA 5-methylcytosine sites by incorporating physical-chemical properties into pseudo dinucleotide composition. Oncotarget, 2017
4. M6AMRFS
软件地址：http://server.malab.cn/M6AMRFS/
发表文章：Qiang et al. M6AMRFS: Robust Prediction of N6-Methyladenosine Sites With Sequence-Based Features in Multiple Species. Frontiers in Genetics, 2018
5. M6APred-EL
软件地址：http://server.malab.cn/M6APred-EL/
发表文章：Wei et al. M6APred-EL: A Sequence-Based Predictor for Identifying N6-methyladenosine Sites Using Ensemble Learning. Molecular Therapy: Nucleic Acids, 2018
6. DeepM6ASeq
软件地址：https://github.com/rreybeyb/DeepM6ASeq
发表文章：Zhang et al. DeepM6ASeq: prediction and characterization of m6A-containing sequences using deep learning. BMC Genomics, 2018
上面的这些软件可以预测RNA中的m6A甲基化位点，那么如何进一步注释m6A甲基化的功能呢体可用如下工具：
软件名称：m6Acomet
软件地址：http://www.xjtlu.edu.cn/biologicalsciences/m6acomet
发表文章：Wu et al. m6Acomet: large-scale functional prediction of individual m6 A RNA methylation sites from an RNA comethylation network. BMC Bioinformatics, 2019
所以，大家如果对某条或某些RNA感兴趣，只需找到对应的RNA碱基序列，就可以利用本文中的提到的6款软件来预测RNA序列中潜在的m6A甲基化位点。如果需要进一步预测m6A甲基化位点的功能，则可利用如m6Acomet软件。这些软件可允许用户大规模预测RNA中m6A甲基化位点，克服了实验只能同时验证少量RNA序列的缺点。而且，这些软件预测的结果，可以进一步缩小实验验证的范围，从而节省研究时间和降低实验失败的风险。（更多精彩，可见大型免费综合生物信息学资源和工具平台AIPuFu：www.aipufu.com，关注微信公众号：AIPuFuBio）。
希望今天的内容对大家有用，会持续更新经典内容，欢迎留言~~
参考文献
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Fu et al. Gene expression regulation mediated through reversible mRNA methylation, Nature Reviews Genetics, 2014
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Roundtree et al. Dynamic RNA Modifications in Gene Expression Regulation, Cell, 2017
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Lee et al. Emerging Roles of RNA Modification: m6 A and U-Tail, Cell, 2017
来源：AIPuFu
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