原标题：生信实操|一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(可变剪接篇)
目前分析可变剪接的软件有Asprofile，MISO，leafcutter和SpliceGrapher等。本文主要介绍SpliceGrapher的使用方法。
安装成功：
生成模型文件为classifiers.zip。
2. 过滤比对结果文件
本步主要使用步骤一生成的模型文件和比对文件，格式为SAM文件。若待分析物种为常见物种，则可在SpliceGrapher软件classifiers文件中自带的模型文件。使用sam_filter.py过滤比对结果。
预测单基因可变剪接时，生成的结果文件为*.gff。生成文件内容如下：
生成结果图片如下：
经验总结
SpliceGrapher软件是由多个python脚本组成的，所需python版本为2.5以上，建议小伙伴使用SpliceGrapher软件的脚本时使用python2进行调用。在运行步骤一构建分类模型时，需要安装PyML模块，具体安装方法可参考http://pyml.sourceforge.net/tutorial.html。在运行步骤二时，输入文件为SAM格式，如需使用BAM文件，可使用samtools软件将BAM文件转为SAM文件即可。除了本文介绍的功能外，SpliceGrapher还有很多其他功能，具体使用方法可参考http://splicegrapher.sourceforge.net/userguide.html。至此，转录本分析的第七步——可变剪接预测的操作过程就介绍完了，希望对大家有所帮助。请小伙伴们期待下一期 生信素人的上道经验分享吧~
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来源：hs3113028
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