linux下kegg注释软件,工具篇丨GO和KEGG富集不到通路?快试试这个超赞的功能分析工具吧…

原标题:工具篇丨GO和KEGG富集不到通路试试这个超赞的功能分析工具吧

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GO和KEGG富集分析是我们在筛选出差异表达基因之后,都会去做的套路性分析。然鹅……我相信,总有那么一些“倒霉孩子”会遇到跟我一样的窘境吧,好不容易筛选出来的差异基因,尝试了DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)、Metascape(https://metascape.org/)、g:Profiler(https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/)等之后,仍然富集不出来通路,这真是个令人悲伤的故事嘞~

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现在,就把这个最强大的基因富集分析在线工具分享给大家啦~揭开它神秘面纱的时候到了,它就是—— KOBAS!!!

KOBAS(KEGG Orthology Based Annotation System),网址:http://kobas.cbi.pku.edu.cn,是由北京大学魏文丽课题组开发的数据库,主要功能是用于基因/蛋白质功能注释和功能富集。随着数据量不断增加,KOBAS至今为止共经历了3次升级,除了1.0版本的KEGG代谢通路之外,2.0版本增加了PID Curated,PID BioCarta,PID Reactome,BioCyc,Reactome和Panther等数据库,除此之外还增加了疾病的查询,使得KOBAS的功能更加强大。而3.0版本更是增加了lncRNA的鉴定、注释以及富集功能,还建立GSEA,GSA和 PADOG等功能。

KOBAS的功能最主要分为两个部分, Annotate(注释)和 Enrichment(富集)。

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“Species”为物种,可根据自己测序组织来源进行选择,如人,大鼠,小鼠等。

“Input Type”为输入格式/类型,支持如图Fasta Protein Sequence,Gene Symbol等七种格式,可根据自己的输入数据进行选择。

输入数据后,点击“Run”进行提交,等待数秒即可出结果。

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点击第二列 “KEGG Gene ID”可以直接链接到KEGG数据库查看具体信息。

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“Gene-list Enrichment”部分,“Input Type”, “Species”及“Input”与注释时基本一致。

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与“Annotate”一样,设置好所有参数后,点击“Run”,等待数秒即可得到分析结果哦,且结果都可进行下载,方便又快捷。

此外,KOBAS除在线使用外,还可将下载到本地,具体可点击官网菜单栏“Download”进行详细了解哦,在此不做详细介绍啦。

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总之,KOBAS不仅仅可以得到GO和KEGG富集分析结果,还可以了解与之相关的疾病信息。学习了这么多,赶紧把你手中筛选到的差异基因操作分析起来吧,说不定马上就会得到意想不到的结果哦~~

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来源:Ferrybunny

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