生信宝典之傻瓜式(四)蛋白蛋白互作网络在线搜索

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傻瓜系列重启了，今天要介绍的是一款在线查询蛋白-蛋白互作网络的工具 (https://string-db.org/)。

STRING数据库收录了个物种，个蛋白和种相互作用。

最开始知道它是用来查询蛋白-蛋白相互作用，查找关注的蛋白的调控因子。最近增加了共表达，基因组共线性，物种共存在，文本挖掘，实验验证信息等。

其给出的示例中有一个是Top 20 频繁突变的癌基因的搜索结果。PIK3CA, NRAS, TP53之前都存在相互作用。表观修饰的癌基因如, 则与其它癌基因发现的互作少，可以是一个研究突破点。

不同颜色的线代表相互作用确定的依据，有基于，，，，，等。具体可见图下方的图例 (也可直接点击连线，各种证据一目了然)。自己输入的点是带颜色的，系统找出的点是白色的。

同时可以进行筛选，调整线型的含义，相互作用的数目，数据来源，可信度筛选, 互作点数目限制等。

这么多基因，可以做个功能富集分析，看看有什么功能偏好性 (关于富集分析，看我们之前的文章GO、GSEA富集分析一网打进和GSEA富集分析 – 界面操作)。结果跟直接看基因也比较相似，一部分是激酶，与蛋白修饰相关，一部分是剪接复合体，与剪接相关。KEGG富集的结果就更直接了，各种癌症。这些结果可以导出，再作图 (可以使用高颜值可定制在线作图工具)。

网络中的基因做一个本物种和同源物种中的双重共表达分析，颜色越饱和，共表达越强。绘制热图，除了上面提到的在线工具，试试热图三部曲 热图绘制， 热图美化， 热图简化。

部分癌基因, 只在进化程度比较高的物种中才存在，光谱调控基因如则比较物种普遍。

整个网络结果可以导出为矢量图 (可以使用Adobe Illustrator修改，AI视频教程)、表格(导入Cytoscape重新绘制，关联表达数据等，Cytoscape视频教程，下周还会推出基于Cytoscape的蛋白-蛋白相互作用多库联筛)、蛋白多序列比对结果和注释结果等。

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来源：生信宝典