mutmap 定位基因也是基于BSA的方法，之前一篇博客 BSA分析拟南芥F2代分离群体混池测序 是做的突变体也野生型杂交后代中F2选择极端个体，加亲本进行测序分析的一篇流程。上篇中的数据也可以用mutmap 分析，仅仅才用野生型亲本测序的数据，和后代突变类型混池的数据即可。方法和上边的类似，也是计算每个SNP等位基因的频率。只不过这里另一个极端混池用亲本表示了，因为极端个体的标记和基因型都是趋于亲本类型的。mutmap 可以直接使用fastq 文件，一次性做出来结果，也可以用bam文件等中间文件进行。在这里为了方便节省原始数据质控等步骤，我才用上篇实践中的bam 文件进行分析。
1， 安装mutmap直接根据作者给出的地址和方法安装，应该顺利,本系统是macOS系统，有些软件直接使用brew install 即可，mutmap 使用的是python3，请安装python3的包。
2. 分析
3，作图
使用mutmap分析的结果和上边BSA分析的结果一致，候选基因位于5号染色体上。 mutmap使用的是bcftools call 的SNP，最终获得的SNP数量较少，一共是9000多，上一篇实践中，我使用GATKcall 的SNP和INDEL，数量上较多一点。
来源：samhuairen
声明：本站部分文章及图片转载于互联网，内容版权归原作者所有，如本站任何资料有侵权请您尽早请联系jinwei@zod.com.cn进行处理,非常感谢！