FlowJo是一款专业的流式细胞分析软件，这款软件是流式领域最受推荐的一款专业分析软件，适合医学类的学生使用。软件能够帮助用户轻松了解了解细胞的状态变化, 拥有流动室和液流驱动系统，光电转换器和数据处理系统等先进的科学技术。
软件特色：
1.单标样本
单标记样本数据常用的显示方式是单参数直方图。通常横坐标可以是线性标度或对数标度，代表着所检测的荧光或散射光的强度；纵坐标表示的是横坐标某一特定荧光强度的细胞数，有时也用相对百分比来表现。
以3 color comp 文件夹中的CyPE comp.fcs进行分析演示。将此文件夹移至桌面，并把该数据文件夹从桌面拖入Flowjo中的组空间中。
此为二维点图，X轴选择SSC(侧向散射，细胞内颗粒结构越复杂，质量越大，SSC越大，反之越小。)Y轴选择FSC(前向散射，细胞越大，FSC越大；反之越小。)
选择设门工具(矩形门、椭圆门、多边形门、自动门)中的任意一个，在二维点图中选中淋巴细胞。
2.多色标样本
多色标记样本，包含双标记、三标记及以上的样本。横坐标和纵坐标分别代表与细胞有关的两个独立参数，平面上的每一个点表示具有相应坐标值的细胞。
以三标记样本为例，选择3-color-experiment文件夹中的931115-B02-Sample01.FCS进行分析演示。同样，在在样本空间中双击“931115-B02-Sample01.FCS”样本，出现图形窗口，显示为二维点图。X轴选择FSC，Y轴选择SSC。然后选择多边形设门工具，在二维点图中选中淋巴细胞。
双击T细胞门，出现图形窗口，在X轴选择Cy5PE::CD4，Y轴选择PhyEry::CD8，使用十字门工具设门(拖动鼠标将四分门移到目标位置即可，一般根据细胞分群的趋势，四分门的界定线可设在阴性、阳性细胞的分群处)，如下图所示：
Q1：CD8单阳性细胞，为CD8+ T细胞
Q2：双阳性细胞
Q3：CD4单阳性细胞，为CD4+ T细胞
Q4：双阴性细胞
在SSC/FSC图中双击“分析的细胞群体”，X轴选择FITC,用来表示AnnexinV-FITC。Y轴选择PE-Texas,用来表示PI。用四分门设门工具界定活细胞和凋亡细胞。如下图所示：
Q1：(AnnexinV-FITC)-/PI+，此区域的细胞为坏死细胞。也可能有少数的晚期凋亡细胞在其中，甚至机械损伤的细胞也包含其中。
Q2: (AnnexinV+FITC)+/PI+，此区域的细胞为晚期凋亡细胞。
Q3：(AnnexinV-FITC)+/PI-，此区域的细胞为早期凋亡细胞。
Q4：(AnnexinV-FITC)-/PI-，此区域的细胞为活细胞。
通常统计细胞凋亡率时采用Q2+Q3，晚期凋亡＋早期凋亡群(即所有AnnexinV阳性群)。
设门选中要进行细胞周期分析的单细胞群体，排除粘连细胞(粘连在一起的双细胞或多细胞团块等)的影响。X轴选择FL2-W(width)，Y轴选择FL2-A(area)，设门方式如下图：
在FlowJo工作台中选中“单细胞群体”这个节点，在菜单栏的“工具”中选择“细胞周期”，打开周期分析窗口。得到G1期、S期、G2期细胞百分比，G1期CV值和G2期CV值等数据。
图中粉色的曲线是周期拟合的模型曲线，黑色的为样本曲线。理想状况是粉色和黑色曲线吻合一致为最佳。拟合的好坏可以根据右边的RMS值来判断。RMS(root mean square error)值越小越好，当周期拟合的不好的时候，可以通过更换拟合模型(Watson和Dean-Jett-Fox)或者更改限制条件确保(G1是G2的两倍)进行调整。
软件特色：
阶梯式设门
图像呈现法
多种设门工具
强大的批量处理功能
多种分析平台及工具
荧光补偿
灵活方便的数据导出
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来源：weixin_39559277
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