2018年SCI论文–整合GEO数据挖掘完整复现 八 ：STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI），cytoscape软件筛选hub基因

文章目录

• • 论文地址
  • STRING数据库
  • PPI网络构建
  • • 输入差异基因list
    • PPI图
    • 保存结果
  • cytoscape软件筛选hub基因、功能模块
  • • 输入“string_interactions”文件
    • 用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因
    • 生存分析
    • 用MCODE插件，筛选功能模块

论文地址

STRING数据库

PPI网络构建

输入差异基因list

进入网页，左侧选择“Multiple proteins”,输入所有差异基因list，“Organsim”选择“Homo sapiens”,然后“SERACH”

PPI图

cytoscape软件筛选hub基因、功能模块

在此之前，需要先下载cytohHubba插件以及MCODE插件

输入“string_interactions”文件

用MCODE插件，筛选功能模块

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来源：obwte