你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2022.4)

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征稿、转载、合作

欢迎同行投稿分享您的科研成果、对本领域科研有帮助的经验、技术和科研思路，多帮助别人，自己也更容易获得帮助。

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• 宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事

• 宏基因组公众号编辑招募——最前沿的科学, 寻找最聪明的你

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iMeta—微生物组与生物信息顶刊

• iMeta | 第1卷第1期在线正式发布(2022/3/28)

iMeta文章中文翻译+视频解读

• iMeta | 中科院李小方等膳食甘草促进小鼠镉解毒并调节肠道菌群代谢

• iMeta | 浙大倪艳组MetOrigin实现代谢物溯源和肠道微生物组与代谢组整合分析

• iMeta | 中科院生态中心邓晔组发布微生物组网络分析平台iNAP

• iMeta | 南科大宋毅组综述逆境胁迫下植物向微生物组求救的遗传基础

• iMeta | 青岛大学苏晓泉组开发跨平台可交互的微生物组分析平台

• iMeta | 德布鲁因图在微生物组研究中的应用

• iMeta | 哈佛刘洋彧等基于物种组合预测菌群结构的深度学习方法

• iMeta | 吴青龙/王明福/刘金鑫等-从肠道菌群看待人类对高原饮食的适应性

• iMeta | 西农韦革宏团队焦硕等-土壤真菌驱动细菌群落的构建

• iMeta | 高颜值高被引绘图网站imageGP

iMeta教你绘图

• 使用ImageGP绘图热图Heatmap

• 使用ImageGP绘图富集分析泡泡图

• 如何解读和在线绘制进化树/p>

iMeta相关资讯

• iMeta：已被谷歌学术(Google Scholar)收录

• Publons：文章审稿、编辑工作认证平台

• 如何投稿iMeta期刊cholarOne投审稿系统作者使用教程

• 高影响力期刊iMeta扬帆起航(微生物组&生物信息)

• iMeta期刊投审稿系统ScholarOne正式上线

• iMeta期刊12名编委入选科睿唯安2021年度高被引学者

• iMeta宏基因组&生物信息期刊-创刊背景和简介

• iMeta期刊顾问James M Tiedje当选中国科学院外籍院士

• 报告视频录制：腾讯会议录屏+人像画中画特效

• 中国大陆SCIE收录期刊分析：多少本刊文多少决了多大内卷来在哪里

• 微生物领域SCIE期刊分析(英美各40本，中国大陆0本)

精选文章推荐

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• 125家单位联合完成《微生物组实验手册(Microbiome Protocol eBook)第1版》

• Nature综述：培养未被培养微生物的创新方法

• 第一：做学位论文期间，不要有任何度假休息的打算；第二，导师错的时候不多；第三……

• 施一公：博士没有和导师几百小时的交流和训练，是出不来的！培养学生要靠“耳濡目染”

• 刘永鑫：想学菌群生物信息分析-21分钟带你入门

• 遗传：微生物组数据分析方法与应用

• Nature：微生物培养技术发展迅猛，未来要搞定一切！

• USEARCH—最简单易学的扩增子分析流程

• Nature综述：Rob Knight手把手教你分析菌群数据2020更新版

• 微生物组入门必读+宏基因组实操课程

• 宏基因组分析教程

• 学术论文图表基本规范大全

• 一篇所有研究生都该读的好文：阳光温热 科研静好

• 这就是我的研究生生活

• 人体上的生命：看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来

• Science：科学家亲眼看到细菌产生耐药性的全过程

• Nature综述：微生物构成的氮循环网络

• Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少

• DNA提取也能发Nature/p>

• 再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！

• 这种本该消失的恐怖传染病卷土重来是一场人祸

• 一席-赵立平-大树细菌

• 给多头绒泡菌叫外卖，它真的很喜欢吃平菇

• 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病

• NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用

• 一片看懂肠道菌群在人体中的作用

• 岛国科普—生命大跃进

• 3分和30分文章差距在哪里/p>

• 28个实用绘图包，总有几个适合你

• 测序发展史，150年的风雨历程

• Nature评论：中国成为超级大国，背后是科学的力量

• 美国科学院公布未来农业发展方向-生物信息和微生物组

• 下一次农业革命，微生物或为突破口

5000+

• 从复旦博士生到985高校副教授，贫穷使人深知摆脱自卑的艰难

• 速收藏 ！回复审稿人意见时常用的英文套话

• 朱永官、张福锁 等：土壤微生物组与土壤健康

• 朱永官：中国土壤微生物组进展与展望

• 2019国自然微生物中标4个亿

• 下次诺奖会是他吗道微生物组开创者Jeffrey Gordon

• 细菌的八大超能力

• 导师太牛而自己很水，是一种怎样的体验/p>

• 你想要的生信知识全在这—生信宝典

• NBT：实验vs分析，谁对结果影响大

• NC：16S序列预测培养基配方

• Cell：人与肠道菌群休戚与共的一生

• 35张图，看懂肠道和大脑的魔性关系

• 深度好文—我们的未来在哪里/p>

• 学术图表的基本配色方法

• 手把手带你重现菌群封面文章图表

• 79个超强微生物知识助你孕育超优宝宝

• 漫谈16S的前世今生

• 16S+功能预测发Sciences：尸体降解过程

• Nature：宏基因组关联分析(1) (2)

• Nature子刊：肠道菌群如何划分肠型

• 一条命令绘制CNS配图-ggpubr

3000+

• 简单漂亮的在线生信绘图工具imageGP 2.0内测 序列提取ID、motif、翻译、反向互补

• NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究

• 一文读懂微生物组

• 进化树 一文读懂

• iTOL美化 进阶  

• GraPhlAn进化树 物种树Cladogram官方教程中文 重现Nature文章实战

• Evolview基础 进阶

• 自学生信-biostar handbook

《微生物组数据分析》专著

• 众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组学百科全书的创始人(目录)

• 编者序：初衷、计划、要求、优势、目标和展望

• 111.Protein Cell：扩增子和宏基因组数据分析实用指南

• 112.CMJ：人类微生物组研究设计、样本采集和生物信息分析指南

• 121.个人电脑搭建微生物组分析平台(Win/Mac)

• 122.Linux系统和Shell命令行简介，走上数据分析之路

• 123.R简介和统计绘图

• 211.Alpha多样性箱线图(样章，11图2视频)

• 212.样本量和测序深度的Alpha多样性稀释曲线

• 213.维恩图和集合图(Venn&Upset)

• 221.Beta多样性PCoA和NMDS排序

• 222.Beta多样性限制性排序CPCoA/CCA/RDA/LDA

• 223.主成分分析PCA

• 231.菌群物种组成堆叠柱状图、弦图、词云

• 245.热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

• 246.三元图的应用与绘图实战

• 251.全网最简单的网络图画法，小白福音包学包会

• 252.体现组间差异OTU模块的微生物网络图

• 341.基于高通量测序的微生物组研究技术简介

• 342.基于高通量技术的微生物组研究实验设计

• 343.微生物组研究写作的一般思路

• 西湖大学鞠峰组：环境宏病毒组学分析思路与常用工具

• 西湖大学鞠峰组：环境微生物的宏基因组学实例与新发现

• ggClusterNet—-一条代码完成全内容微生物网络

• Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机

• 宏基因组领域杂志简介及最新影响因子

学术报告录播、PPT分享

• 75分钟入门微生物组数据分析和结果解读—刘永鑫(合肥，2021年6月23日)

• 青年生命科学论坛报告：扩增子和宏基因组数据分析与可视化流程—刘永鑫(北京210606)

• 宏基因组数据分析的机遇与挑战—刘永鑫(北京，2020年12月8日)

• 刘永鑫：20分钟讲解微生物组数据分析与可视化实战

• 南京袁军/文涛ISME：基于大数据整合准确预测土壤的枯萎病发生

• 北生院王金峰Gut：时序微生物组数据重现生物膜装配的动态过程 PPT+视频

• 西湖大学鞠峰：环境微生物宏基因组学(报告视频+PPT,11月23日)

• 2020年12月8日中科院刘永鑫报告：宏基因组数据分析的机遇与挑战

• 扩增子和宏基因组数据分析流程和可视化方案—刘永鑫(南京，2020年10月27日)

会议、专刊、招聘

培训会议

• 4月16-17，北京，中科院白洋研究员加入《宏微名师讲堂》分享高通量分菌技术啦

• 5月8-11日，杭州，中国土壤学会

• 6月10-13日，青岛，中国生物物理学会肠道菌群分会年会邀您“崂山论肠菌”

• 7月23-25日，微生物组-扩增子16S分析第12期

• 7月30-8月1日，高级转录组分析和R语言数据可视化第12期

• 8月20-22日，微生物组-宏基因组分析

专刊征稿

• mSystems和Microbiology Spectrum杂志“肠道微生态专题”论文征稿

• Medicine in Microecology：医学微生态中的大数据专刊征稿(宁康、苏晓泉)

• Medicine in Microecology：母婴微生物组专刊征稿(陈廷涛、王金锋)

• JOVE征稿：植物微生物组学方法专刊(牛犇、韦中、高峥、王蒙岑)

• SEL专题征稿：Microplastics in agroecosystems

• JoVE微生物组专刊征稿，写方法拍视频教程发SCI

• 《微生物学报》“微生物大数据资源”专刊邀稿函

• 生物工程学报-微生物组测序与分析专刊

• 生物工程学报-“微生物与生命健康”专刊征稿通知

人才招聘

• 渥太华大学药学院院长Daniel Figeys团队诚邀药物-微生物组方向博士后

• 华中农业大学Kenichi Tsuda团队诚聘植物-微生物互作、生物信息学博士后二名

• 美国北卡教堂山分校Jeff Dangl组植物微生物组博士后招聘(植物微生物互作领域第一高引学者)

• 芬兰阿尔托大学人工智能实验室程路组博士生招聘-肠道菌群进化与人类疾病等方向

• 华南师范大学生命科学学院汪肖云教授团队招聘青年英才和博士后

• 南京医科大学陈连民组招收博硕士研究生(肠道微生物与心血管代谢健康方向)

• 香港中文大学Center for Gut Microbiota Research招聘启事

• 中山大学左涛组(IF>10的文章15篇)博士后招聘年薪35万

• 中山大学附属第一医院精准医学研究院魏泓组招聘启事

• 中国科学院武汉植物园环境基因组学杨玉义组招聘科研人员

• 福建农林大学朱方捷组招聘讲师/副教授/助理——生信分析方向

• 加州大学河滨分校门玉洁课题组招收博士生两名——环境微生物方向

• 南方科技大学宋毅课题组招聘启事

• GPB科学编辑招聘启事

• 南科大海洋系侯圣伟组博后招聘(视频)

• 中农王金锋组诚聘微生物组学方向博士后

• The Innovation: 青年编委招募

• 中科院城环所朱永官组博后招聘

• 纽约伊坎医学院房刚组诚聘博士后: 表观基因组, 宏基因组, 精准医疗

• 华岩资本—微生物领域项目投递通道

• 北京大学吴华君课题组多组学数据分析方向博士后和技术员招聘启示

• 国内三代测序头部企业-武汉希望组生物科技有限公司急招

• 中科院昆明植物所李爱荣组诚聘博士后—根部半寄生植物的根际过程及调控机理

• 深圳先进院赵国屏课题组2021年博士后招聘启事

• 曹晓风研究组诚邀国内外优秀青年人才加盟

• 北京大学北京天然气水合物国际研究中心招聘生信博后

• 中科院动物所王关红组昆虫微生物组学招聘助研、博后和助理

• 金龙鱼母公司(新加坡丰益国际)院士团队招聘宏基因组数据分析科学家

• 香港中文大学Center for Gut Microbiota Research招聘启事

• 中国农大-瓦大国际合作微生物组方向博士生项目

• 金秋十月正当时，未知君招人啦！

• 予果招募令

• 中科院微生物所高程组招聘助研3名(正式编制)

• 农科院环发所张西美课组招聘博后和科研助手(土壤微生物生态学)

• 中国医学科学院王辰院士组招宏基因组方向博后40万/年

• 南方科技大学Medi-X研究院-环境健康平台博士后招聘

• 南京农大王保战组环境微生物招聘博后

• 中山大学丁涛组博后及副研招聘-微生物组学方向

• 中科院微生物所高程组博士后招聘-真菌组与生态功能的研究

• 北京大学口腔医学院陈峰课题组微生物方向招聘博士后

• 西湖大学郑钜圣组招聘博士后-人类肠道微生物、多组学整合、生物信息交叉学科方向

• 中科院北京生科院赵方庆团队招聘人体微生物组方向特别研究助理

• 浙大蒋超组招聘博后和技术员：环境暴露组和微生物组

• 哈佛医学院刘洋彧组诚聘博后-微生物组学方向

• 德国波恩大学于鹏组根系与微生物互惠方向招收博士研究生

• 华中农大津田賢一组招植物微生物组、生物信息方向博士后 2

• 西湖大学鞠峰团队招聘“土壤微生物组学”与“高通量基因组-培养组学”2名博士后

• 南科大翟继先组招聘，博士生8万+，博后34万+

• 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

• 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物

• 北京市农林科学院植环所植物病害综合防治研究室招聘微生物组学、计算生物学

广告合作

• IF10+的数据库文章！这里有5个案例，一起发起来/p>

• 易汉博承建的三篇NAR的数据库

• 全长扩增子：是时候展示真正的技术了

• 向“真”而生！天昊生物AccuITS真菌绝对定量测序服务重磅上线

• 生信分析平台方案推介，助力科研

• mNGS及古细菌DNA检测应用推荐：PCR去污染试剂盒

• mNGS应用推荐：HL-SAN耐高盐核酸酶，高效去除宿主DNA

• 推荐：一本“高颜值”的R语言数据可视化图书(包邮送3本)

• 生信服务器推介，助力科研

• 微生物16S测序数据的正确打开方式

• 多快好省的宏基因组研究技巧

• 给你的数据一个家，一个有DOI的地方 | 生物数据库承建

• Dell服务器采购-劲爆优惠来袭

• 让您的投稿更高效，发表更顺利

• Nature Microbiology：火眼金睛，肠道菌群绝对定量分析擒“真凶”！

• 天昊16S扩增子绝对定量测序项目文章登陆《Bioresource Technology》

• 天昊生物16S扩增子绝对定量测序项目文章再次登陆《Science of the Total Environment》

• 天昊生物16S扩增子绝对定量测序技术助力客户登陆Science of the Total Environment

• 天昊Accu16S细菌绝对定量测序项目登陆顶级环境杂志《Journal of Hazardous Materials》

• 如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果/p>

• 690元即可进行宏基因组测序！最快15天即可完成！免费提取DNA，全国包邮，部分地区还派送干冰！

• 扩增子分析系列视频课程（含课程PPT以及示例代码）

科研经验

• 我的博士之路（壮根美颜-康亚龙）：五年读博路，苦熬曙光明

• Nature ：读博之前应该知道的二十件事情

• 研究生如何走出“迷茫”/p>

• Science：“每周工作进展汇报”在博士培养中的作用

• 学术界职称与凡人修仙传等级对应关系

• 论文返修与校对的经验教训

• 如何制作高质量的图文摘要（Graphical Abstract）

• 谷歌学术上网和查文献、引用、作者和领域分析指南

• 研究生新生进入实验室后，如何成长点建议分享

• 张启发院士的肺腑之言，值得每一位硕士/博士细细品读！

• Nature子刊：你想成为生物信息学家/p>

• SCI论文投稿全程模板

• 10篇一作SCI博士的走心分享—宏组学研究之“道”

• 985助理教授与二本教授哪个水平高/p>

• 清华生命院长王宏伟专访：面对这些情况，要勇于说“不”

• 从博后到PI的十个建议

• Nature：好导师的16个标准

• 研究生，导师不是你的保姆

• 关于肠道菌群研究的7大事实和5大倡议

• 这篇文章说出了研究生和导师的相处真谛

• 研究生应锻炼的24种能力

• 要不要读博，以及读博后如何顺利毕业并找到理想工作个最接地气的忠告

• Nature：给博士研究生的四条箴言Four golden lessons，颜宁推荐

• 为什么我参加了那么多学术会议依旧一无所获/p>

• 终极大招——怎么在学术会议上有所收获/p>

• AI学习教程 1基本图形绘制 2模式图 3排版 画冠状病毒

• PPT绘制示意图视频+文字版本-一篇就学会

• 如何优雅的提问

• 我的生物信息之路

• 我的挣扎 与 TBtools 的开发

• 公众号搜索方法大全

• 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号

• 文献阅读 1GeenMedical 2SCI-HUB

• 生信编程模板  Perl  Shell  R

• 生物信息之程序学习

• 论文Figures，你不能不知道的秘密

• 图表色彩运用原理的全面解析

• 原始数据极速上传NCBI SRA教程

• 中国核酸数据库GSA数据提交指南 扩增子16S实例 宏基因组实例

• 国家微生物科学数据中心微生物组学数据汇交指南：可提交文章附件

• Endnote X8云同步：有网随时读文献

• Excel绘图新高度-EasyCharts

• 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide

• Windows10远程桌面Ubuntu

• 想发高分论文的同学看过来，这里有10分的杂志和主编可以了解一下！

• 为何新刊物Microbiome影响因子这么高编Jacques Ravel教授来告诉你

• SCI论文写作1.论文的三段式结构 2.引言的逻辑解析

• PDF编辑处理 压缩PDF文件大小满足上传要求

软件流程

• 陈程杰、夏瑞：数据分析工具TBtools介绍和操作视频+公众号/社群

• Graphpad绘图初学 生物统计绘图进阶

• TBtools – 超过一万人在使用的生信小工具

• BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式

• STAMP——微生物组间差异统计分析 简明教程 中文帮助文档

• FUNGuild：真菌功能注释

• 在线RaxML构建系统发育树

• MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级

• Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达

• psRobot：植物小RNA分析系统  

• RepeatMasker：基因组重复序列注释

• 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka

• Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图

• 一个细菌基因组完整分析脚本

• 结构方程模型（SEM）的理论和基本实现过程

• 使用结构方程模型需要知道的那些事（理论篇）

• 高通量数据中批次效应的鉴定和处理

软件基础必学系列

• Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网

• 玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南

• Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

• Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移

• 软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全

• 数据的质量控制软件——fastQC

• 整合QC质控结果的利器——MultiQC

• 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp

在线软件

• 越来越多杂志用webp存储图像，这个工具可以在线转成PNG

• 图片质量低怎么办个网站很不错！

• 推荐一个可能是最全的Venn图一站式绘制工具

• 高颜值免费在线SCI绘图工具增加上传功能

• 国家微生物科学数据中心推出免费一站式生物信息分析云平台

• 在线差异基因分析 (支持自动和指定批次校正)

• 微生物组数据库: 一站式环境基因组学数据云平台更新啦！

AI系列视频教程

• 1论文矢量图文字、线编辑

• 2论文图形编辑和排版

• 3排版后图形导出这样的Tiff/PNG

• 4显示网格移除剪切蒙版和背景

• 6直接选择工具删除白板

• 7魔棒工具批量操作

• 8几个快捷键

• 9图的放置和微调

• 10设置字体和微调

• 11调整对象大小

• 12批量变换同时选中的单个对象

• 13选中所有点

扩增子分析

• 价值130欧元的《微生物组分析Microbiome Analysis》2018版电子书

• 价值1143元的《R语言统计分析微生物组数据》系列图书

• 再读《数量生态学：R语言应用》

• 微生物组领域近十年最重要的8个软件或算法

扩增子教程

• 扩增子16S分析专题研讨论会——背景介绍

• 扩增子图表解读-理解文章思路

• 扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章

• 16S功能预测 0概述   1KO通路PICRUSt  2元素循环FAPROTAX  3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun Tax4Fun2

• PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍 NBT文章解读 软件使用

• CHM：FishTaco将样本功能同对应的微生物联系起来，得到功能改变的驱动因子

• 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA  2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归

• Nature Method：Rob Knight团队开发Striped UniFrac算法分析微生物组大数据

QIIME2教程(2021.2)

• NBT：QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台

• 1简介和安装Introduction&Install

• 2插件工作流程概述Workflow

• 3老司机上路指南Experienced

• Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析

• 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures

• 5粪菌移植分析练习FMT

• Microbiome：粪菌移植改善自闭症

• 6沙漠土壤分析Atacama soil

• mSystems：干旱对土壤微生物组的影响

• 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse

• Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease

• 8差异丰度分析gneiss

• 9数据导入Importing data

• 10数据导出Exporting data

• 11元数据Metadata

• 12数据筛选Filtering data

• 13训练特征分类器Training feature classifiers

• 14数据评估和质控Evaluating and controlling

• 15样品分类和回归q2-sample-classifier

• 16纵向和成对样本比较q2-longitudinal

• 17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch

• 18序列双端合并read-joining

• 19使用q2-vsearch聚类OTUs

• 20实用程序Utilities

• 21进化树推断q2-phylogeny

• 22命令行界面q2cli

• 23图形界面q2studio

• 24Python命令行模式Artifact API

• 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins

• 26开发新插件DevelopingPlugin

• 27语义类型Semantic

• 28社区Community

• 29参考数据库DataResources

• 30补充资源SupplementaryResources

• 31名词Glossary

• 32如何写方法和引用Citing

易生信-扩增子教程

• 01-背景介绍

• 02-真菌引物选择

Webserver在线分析平台

• 这个Venn 网络很漂亮！3分钟带你绘制！

• 微生物组网页工具MicrobiomeAnalyst——教你零基础开展微生物组数据分析和可视化 Nature子刊：官网教程中文版、 实操教程、  NAR：原文解读

• NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台

• NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库

• METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求

• SILVAngs:16S/18S在线分析1  2

• 微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线

• MetaCoMET——核心微生物组分析在线工具

相关软件和数据库教程

• 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core

• 制作RDP数据库的USEARCH版本用于扩增子物种注释

• 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档

• Nature Methods：快速准确的微生物来源追溯工具FEAST Phyloseq格式使用实战 原版代码实战

• SourceTracker—微生物来源分析

• LEfSe分析简介
  简化美化LEfSe分析结果图 LEFSe优化结果和配色版 视频教程

• DADA2中文教程v1.8

• 微生物扩增子数据库大全

• NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库

• MER：基于ITS区域marker扩增真菌群落的准确性

• MIMOSA2：基于微生物组和代谢组数据的整合分析

• 方差分解分析 (VPA)：定量不同环境因子对群落变化的解释比例

• FungalTraits: 超越FUNGuild的最新真菌表型数据库

宏基因组分析

• 微生物组常用数据库国内备份站

高分文章和图书推荐

• 一文读懂宏基因组分析套路

• Springer发表第二版“宏基因组学”研究最新指导书

• Nature综述：2万字带你系统入门鸟枪法宏基因组实验和分析

• 1综述、MetaPhlAn2、Kraken、MetaMaps、HUMAnN2、MEGAHIT、MetaWRAP和宏表观组

• 2综述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal

• 3宏基因组定量、功能注释和高级分析代码

软件评测和简介

• Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼‘

• Nature子刊：刘洋彧、Rob Knight等评测不同宏基因组物种定量方法及其对结果的影响

• NBT：主流高通量测序仪在人/细菌/宏基因组测序评测结果发布，华大智造表现优异

• mSystems：鸟枪法宏基因组测序之外我们还能做什么

• 青岛能源所提出微生物组相似度新算法DMS

• 方法革新：8个宏基因组分析新工具

教程系列

• 2016加拿大宏基因组分析教程

• 1简介-定义、方法和数据库

• 2扩增子-微生物群落多样性

• 3PICRUSt功能预测

• 4宏基因组物种组成和分箱

• 5宏基因组功能数据库与通路

• 6宏转录组流程和功能 BBI：Eran Elinav组综述在微生物组研究中使用宏转录组

• 7挖掘微生物组生物标记

• 4500元的微生物组培训资料

• 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

• GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架

• 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

• 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下

• 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组

• Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架

有参分析Read-based

• MetaPhlAn2基于多标记基因的宏基因组物种组成定量 文章解读 软件使用

• HUMAnN2基于UniRef数据库的功能定量 1文章解读 2软件教程 3有参分析流程

• Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件

• 宏基因组序列物种分类之kraken 1/2和Bracken的使用

• Kraken2：宏基因组快速物种注释神器

• 宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门

无参Assembly-based

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战

• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3组装拼接MEGAHIT(多快好省)和评估quast

• MEGAHIT：通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案

• metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具

• IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据

• MetaQuast：评估宏基因组拼接

• 4基因注释Prokka Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释 Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定  metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测

• 5基于Kmer比较数据集sourmash

• 6不比对快速估计基因丰度Salmon Salmon不比对快速宏基因组基因定量

• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

• 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

• 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o

• 10绘制圈图-Circos安装与使用

物种/功能注释数据库

• NAR：查询未培养病毒基因组的综合生态和进化框架IMG/VR v3

• Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展

• WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具

物种注释

• TaxonKit：小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具 JGG | TaxonKit：一款实用又高效的NCBI分类学数据工具包

eggNOG

• EggNOG功能注释数据库在线和本地使用 eggNOG 5数据库介绍

KEGG

• 他开发了基因界的百科全书，贡献却少有人知

• KEGG在线数据库使用攻略

• KEGG功能注释工具 KofamKOALA 安装与使用

• kofamscan：基于HMM模型注释KEGG通路

CAZy糖代谢

• NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因

CARD抗生素抗性/耐药基因

• Microbiome：城市海滩和污水中抗生素抗性组研究

antiSMASH

• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测  

• NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测

• 抗生素抗性基因研究进展PPT分享

• 列举一些分析次级代谢物基因簇相关的数据库

分箱/MAG专题

• Nature子刊：宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程

• Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署  实战和结果解读

• NBT：宏基因组”读云”10X建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组

• DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组

• 一文读懂宏基因组binning

• GTDB：基因组分类数据库，物种注释和进化树构建工具GTDB-tk

• CheckM——细菌基因组/MAG完整性和污染率评估

• MaxBin2——高效的分箱工具

统计分析及可视化

• Krona绘制物种或功能组成圈图

• microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram

• Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率

• curatedMD包挖掘宏基因组公共数据库

细菌基因组

• 一文搞定细菌基因组De Novo测序分析

• EZBioCloud：16S和原核基因组物种注释和新种鉴定

• drep：微生物基因组快速去冗余-文章解读+帮助文档+实战

• 微生物分类学研究利器：模式微生物基因组数据库

• Nature子刊：细菌和古菌从域到种的完整分类

• NAR：中科院微生物所发布全球模式微生物基因组测序计划进展

• NC：中科院微生物所陈义华组发现新颖的聚酮类化合物起始机制

• 微课堂：MUMmer——国家微生物科学数据中心云工具

研究热点

绝对定量

• 细菌绝对定量的方法总结

• 微生物绝对定量研究知多少

参考基因(组)集

最新文章

• NM: 人的肠道古细菌基因组集

• NBT：涵盖20多万个基因组的人体肠道微生物参考基因组集

• NBT：5万个基因组和1.2万个新种的地球微生物基因组集

• NBT：牛瘤胃微生物组的4941个宏基因组组装基因组(MAG)

高分和功能挖掘

• Nature2019：人类肠道菌群的新蓝图

• Cell2019：15万人体微生物基因组！超大规模宏基因组研究揭示数千计人体微生物新物种

• Cell2019：Tara2.0基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

• Cell子刊2019：人类微生物组参考基因集中的单体基因

培养组

• NBT：人类肠道培养细菌的1520个基因组

• NG：微生物如何适应植物的细菌基因组适应植物的特征

历史经典

• NC2018：全球柑橘根际微生物组的结构和功能

• PNAS2016：土壤氮循环微生物功能特征的全球生物地理学

• NBT2014：人类微生物组千万基因的参考基因集

• Nature2010：基于宏基因

  来源：刘永鑫Adam

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