GMT6.1.1安装流程

GMT6.1.1安装流程

1、编译及运行依赖

GMT的编译及运行需要如下软件:

CMake: >=2.8.12

netCDF(>=4.0且支持netCDF-4/HDF5)

curl

除此之外,还可以安装如下软件库以增强GMT的更多功能:

Ghostscript: 生成PDF或者其他位图格式的图片

GDAL: 读写其它地学常用的网格和图片格式

PCRE: 正则表达式支持

FFTW: 快速傅里叶变换库(>=3.3,macOS下不需要)

GLib: GTHREAD多线程支持

LAPACK: 快速矩阵反演库 (macOS下不需要)

BLAS:快速矩阵运算库 (macOS下不需要)

GraphicsMagick: 生成GIF格式的动画

FFmpeg: 生成MP4格式的动画

2、安装依赖软件

对于Ubuntu/Debian:

对于CentOS/RHEL:

对于Fedora用户:

#安装编译所需软件包

3、下载源码及数据

编译GMT需要下载如下三个文件(下载地址-GMT中文社区):

GMT 6.1.1 源码:gmt-6.1.1-src.tar.gz

全球海岸线数据GSHHG:gshhg-gmt-2.3.7.tar.gz

全球数字图表DCW:dcw-gmt-1.1.4.tar.gz

4、安装GMT

将下载的三个压缩文件放在同一个目录里,按照如下步骤进行安装:

#解压三个压缩文件

#将gshhg和dcw数据复制到gmt的share目录下

#切换到gmt源码目录下

#用文本编辑器新建并打开CMake用户配置文件
#Linux用户

#macOS用户

向 cmake/ConfigUser.cmake 文件中加入如下语句:

CMAKE_INSTALL_PREFIX 用于设置GMT的安装路径,上面的语句会将GMT安装在 /opt/GMT-6.1.1 目录下,用户可以自行修改为其他路径。没有 root 权限的一般用户,可以将安装路径设置为 /home/xxx/software/GMT-6.1.1 等有可读写权限的路径;

GMT_USE_THREADS 和 GMT_ENABLE_OPENMP 设置为 TRUE 会为GMT的某些模块增加多线程并行功能以加速计算,也可以不设置。

小技巧

此处为了便于一般用户理解,只向 cmake/ConfigUser.cmake 中写入了必要的语句。用户可以将GMT提供的配置模板 cmake/ConfigUserTemplate.cmake 复制为 cmake/ConfigUser.cmake并根据配置文件中的大量注释说明信息自行修改配置文件。进一步,可以将高级配置模板 cmake/ConfigUserAdvancedTemplate.cmake 复制为 cmake/ConfigUserAdvanced.cmake 并根据注释说明信息修改高级配置。

继续执行如下命令以检查GMT的依赖是否满足:

#注意,此处新建的 build 文件夹位于 gmt-6.1.1 目录下,不是 gmt-6.1.1/cmake 目录下

cmake … 会检查系统软件是否满足GMT的依赖关系,过程中会输出大量信息,并在最后汇总输出检查结果。我们只需要关注检查结果是否正确即可。正常情况下结果结果如下,若存在一些差异也没有问题。只要过程中不出现报错,即可。如果出现报错,则需要检查之前的步骤是否有误,检查完成后删除原build目录再新建build,继续执行 cmake …,直到出现类似的检查结果:

警告

Anaconda用户请注意!由于Anaconda中也安装了FFTW、GDAL、netCDF等库文件,GMT在配置过程中可能会找到Anaconda提供的库文件,进而导致配置、编译或执行过程中出错。

解决办法是,在 ~/.bashrc 中将 Anaconda 相关的环境变量注释掉,以保证GMT 在配置和编译过程中找到的不是 Anaconda 提供的库文件。待GMT安装完成后,再将 Anaconda 相关环境变量改回即可。

检查完毕后,开始编译和安装:

注解

-j 选项可以实现并行编译以减少编译时间。但据用户报告,某些Ubuntu发行版下使用 -j 选项会导致编译过程卡死。Ubuntu用户建议在上面的两条命令中去掉 -j 选项。

修改环境变量
打开终端,使用如下命令用文件编辑器打开Bash配置文件:

#Linux 用户

#macOS 用户

然后向文件末尾加入如下语句以修改环境变量。修改完成后保存文件并退出,然后重启终端使其生效:

说明

第一个命令添加了环境变量 GMT6HOME

第二个命令修改 GMT6 的 bin 目录加入到 PATH 中,使得终端可以找到GMT命令

第三个命令将 GMT6 的 lib 目录加入到动态链接库路径中。通常,32位系统的路径为 lib,64位系统的路径为 lib64

测试是否安装成功
重新打开一个终端,键入如下命令,若正确显示GMT版本号,则表示安装成功:

升级/卸载GMT
按照上面的配置,GMT会被安装到 /opt/GMT-6.1.1 目录下。若想要卸载GMT,可以直接删除整个 /opt/GMT-6.1.1 即可。

GMT不支持自动更新,因而若想要升级GMT,通常建议先卸载GMT,然后再下载新版源码并按照上面的步骤重新编译安装。

当然,高级用户也可以同时安装多个版本的GMT,但需要注意环境变量 PATH 的设置

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来源:五香麻辣臭豆腐

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