一、蛋白质的结构

1、 蛋白质的结构分为四级

一级结构：氨基酸序列
二级结构：周期性的结构构象
三级结构：整条多肽链的三维空间结构
四级结构；多个亚基形成的复合体结构

二、蛋白质的二级结构

1、DSSP指认

2、PDB获取

3、软件预测

三、蛋白质的三级结构

1、蛋白质的三级结构

四、三级结构可视化软件VMD

1、file and mouse

2、representation

3、multiple representations

4、display and label

五、计算方法预测三级结构

1、介绍

2、同源建模法SWISS-MODEL

3、穿线法I-TASSER

4、从头计算法QUARK

5、综合法ROBETTA

6、模型质量评估

六、三级结构的比对

1、SuperPose叠合

2、SPDBV选择叠合

七、蛋白质分子表面性质

1、VMD创建PSF文件

2、APBS计算表面电荷分布

八、获取蛋白质四级结构

1、实验方法获取

九、蛋白质-蛋白质分子对接

1、常用对接软件ZDOCK

2、相互作用面分析PDBePISA

十、蛋白质-小分子分子对接

1、AutoDock安装

2、AutoDock预处理

3、AutoDock对接

十一、虚拟筛选与反向对接

1、虚拟筛选

2、AutoDock Vina

3、反向对接

十二、分子动力学模型

1、分子动力学模拟

来源：HuangXinyue1017