文章来源：公众号“科研讨论圈”
1.蛋白-配体相互作用
2.柔性对接及基于结构的虚拟筛选
3.基于药效团虚拟筛选
4.构效关系模型预测分子活性
Schrodinger是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；ADME性质预测
在进行分子对接之前，如果需对接的小分子为1D或2D结构，我们首先要将小分子转换为三维结构并进行加氢、加电荷、生成分子构象等标准化处理。这里我们将以Schrodinger软件包中的小分子处理工具LigPrep来对小分子进行处理，经该步骤处理完成的小分子可用于分子对接、虚拟筛选等以小分子为研究对象的分子模拟计算研究。
来源：Hbaixue
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