目前对蛋白质相互作用位点的预测即是判定表面氨基酸中哪些事界面残基。目前，对界面残基的定义有两种：
第一种定义，基于氨基酸残基的可及表面积的变化程度。
蛋白质相互作用形成复合物是通过蛋白质与蛋白质之间相互接触发生相互作用，因此溶剂可及表面积会相应发生变化，我们定义该残基为界面残基，是该残基在形成复合物之后可及表面积减少超过某一阈值（通常为一个平方埃），反之，称为非界面残基。
第二种定义，基于alpha碳原子之间的距离。蛋白质与蛋白质相互接触的情况可以通过蛋白质链之间的α碳原子之间的距离进行描述。在相互作用的过程中，如果一个残基的α碳原子与相互作用的蛋白质链上的表面残基的任意一个α碳原子之间的距离小于1.2纳米，则称为界面残基，反之称为非界面残基。
通过这两种定义，我们对所有的数据集进行样本处理，两种定义方法产生的结果大部分是相同的结果，部分稍有不同，我们只采用两种定义方法重合的部分进行预测和分析。
来源：PenyPeng
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