多孔材料吸附性质模拟程序RASPA的离线和在线安装方法

RASPA-2.0是今年美国西北大学教授Randall Q. Snurr等人开发的针对于MC，MD，分子力学优化等用途的程序，相比于之前开发的MUSIC软件，RASPA的功能更加齐全，操作更加简便，可以在MC的吸附过程中考虑骨架的柔性，也可以想MUSIC一样先制作积分格点（music中的map）。

A、离线安装（centos为例）：
（1）、安装之前要检查一下是否装了automake, autoconf, m4, libtool这些包，
      用which命令一一查看如：
[cw@BioMaterial ~]$ which automake
/usr/bin/automake
如果某些包没有装，有两种方法，一种是rpm包安装；另一种是解压从网上下载的tar.gz包。前者更方便，但是学校的服务器大多数不能连接外网所以无法从yum获取rpm包，这时可以去找一个该linux系统的镜像文件解压之后会有一个Packages文件夹找到这些安装包如 automake-1.11.1-4.el6.noarch.rpm
然后安装他们用rpm -ivh automake-1.11.1-4.el6.noarch.rpm命令，所有的这些包安装好之后特意用which检查一下，特别要注意的是要检查aclocal和libtool的安装位置必须一样，要不然安装时会报错，如：
[cw@BioMaterial ~]$ which aclocal
/usr/bin/aclocal
[cw@BioMaterial ~]$ which libtool
/usr/bin/libtool
除此之外还可以安装fftw，lapack等库文件用于加速计算，不转亦可运行，详细安装请参看lmylmy的帖子
（2）、安装RASPA
此处按照manual,  过程就可以了
1. rm -rf autom4te.cache
2. mkdir m4
3. aclocal
4. autoreconf -i  #如果aclocal和libtool安装的位置不一样，此处会报错#
5. automake –add-missing
6. autoconf
7. ./configure –prefix=${RASPA_DIR} or ./scripts/CompileScript/make-gcc-local #可以将${RASPA_DIR}替换为想要安装的文件夹路径此处我将其安装在/data/cw/simulations文件下，最好不要指定到解压文件夹#
8. make
9. make install
安装完成之后可以去查看一下cd /data/cw/simulation
[cw@BioMaterial simulation]$ ls 
bin  lib  share
这是我们可以看到三个文件夹
bin #放置可执行文件#
lib #放置运行所需库文件#
share #最重要的，这是放置运行所需的力场参数forcefield，柔性骨架结构framework，吸附质分子参数molecules, 吸附剂结构structures(cif文件格式)等信息，这些都在share下的raspa文件夹下的四个文件夹内，如果之后做计算要事先产生格点文件，也会自动地产生grids的文件夹用于放置格点文件#
（3）运行RASPA
在解压文件夹RASPA-2.0下进入examples文件夹，测试一下简单的任务，进入Basic然后做一下MFI吸附甲烷的测试，进入Adsorption_of_Methane_in_MFI文件夹，会有一个run的脚本文件，如果之前另外指定了安装路径的就改为
#! /bin/sh -f
export RASPA_DIR=/data/cw/simulation/      #之前指定的路径#
$RASPA_DIR/bin/simulate $1
然后运行./run&，启动计算。

或者在.bashrc文件中加入

export RASPA_DIR=/data/cw/simulation/      #之前指定的路径#
export PATH=RASPA_DIR/bin:$PATH

并source .bashrc使之生效，编辑好simulation.input文件后直接执行simulate simulation.input & 开始运行程序。

2、安装RASPA，执行命令pip install RASPA2

3、配置环境，RASPA在普通用户下会默认安装到/home/用户名/.local/bin目录，而相关的力场、分子结构和晶体结构等文件会储存在/home/用户名/.local/lib/python2.7/site-packages/RASPA2/simulations目录下，和离线安装后运行一样也可以用两种方式执行RASPA，只需要将相关路径修改一下

export RASPA_DIR=/home/用户名/.local/lib/python2.7/site-packages/RASPA2/simulations   
export PATH=/home/用户名/.local/bin:$PATH

另一方面，如果以root用户执行pip install RASPA2，程序将会安装到/usr/local/bin RASPA_DIR会变成/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/RASPA2/simulations

来源：youyno