VASP计算新手礼包:基于CentOS 7.6 系统安装VASP 5.4.1

2020-9-24更新:更新VASP5.4.1网盘链接:
链接:https://pan.baidu.com/s/1n9C9CmF0j7iMilo1cPe1cA
提取码:69dj

2019-9-9 更新: 因有人反馈最后编译vasp5.4.1的时候出现cp: cannot stat ‘src/.objects’: No such file or directory 的错误,因此在网盘中更新了 VASP5.4.1未解压版本的源文件,请后续安装的朋友自行下载,并在Linux系统中解压获得 VASP.5.4.1 及 VASP.5.lib 文件夹,其他步骤不变

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同为Linux系统,Cent OS 系统更适用于计算科研人员的使用。在没有参考教程,编译一个之前没接触过的新型科研类程序的情况下,Cent OS 比 Ubuntu 更容易成功、遇到的困难更少。因此,本文将详细介绍基于目前最新版本(截止2019.2.28)的Cent OS 7.6 如何安装VASP 5.4.1(适用于零基础小白)。

一、 前言

笔者能够在零基础情况下成功编译VASP,网传最广的VASP编译教程:教你从头编译VASP-5.4.1及CSDN博客上各位大神的安装记录功不可没。因此,特撰写该教程,回馈各位朋友,也希望能够为刚从事材料计算的小白贡献绵薄之力。
实践证明,参照教你从头编译VASP-5.4.1中楼主的步骤能够成功编译VASP 5.4.1,但时至2019,教程中的配置(Cent OS 6.6+intel 2011+openmpi 1.6.5+fftw 3.3.4+vasp 5.4.1)看起来有些“落后”。为使VASP保持最高效率运行,笔者尝试更新各个软件的版本,并使VASP 5.4.1 能够基于新版本的Cent OS、intel、openmpi、fftw下被成功编译。于是乎,本文就此诞生。

二、Cent OS 下VASP 5.4.1的安装配置

  • Cent OS 7.6 64位
  • Intel-parallel_studio XE 2019
  • openmpi 3.1.3
  • fftw 3.3.8
  • vasp 5.4.1
  • VMware Workstation Pro 14

三、 详细安装步骤

(一) VMware Workstation Pro 14

为方便整个安装教程的记录截图,笔者将使用虚拟机安装Cent OS 7.6 进行整个安装过程。另外,对于首次接触Linux系统的人而言,强烈建议在虚拟机上安装Cent OS进行操作,避免未知错误导致系统崩溃需要重装。VMware Workstation的安装教程网上颇多,在此不再赘述。

(二)安装Cent OS 7.6

首先,请在Cent OS官网:https://www.centos.org/download/ 下载Cent OS 7.6 系统镜像iso文件,在按以下步骤安装系统。

  1. 打开VMware Workstation Pro 14→Workstation→文件→新建虚拟机,点击下一步
    VASP计算新手礼包:基于CentOS 7.6 系统安装VASP 5.4.1
  2. 选择稍后安装操作系统
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  3. 命名虚拟机名称及储存位置(注意选择剩余空间超过50GB的盘,存储虚拟机系统)
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  4. 选择虚拟机运行内存配置(注意这里选择2GB以上内存,Intel-parallel_studio XE 2019 安装过程中某个程序要求在2GB内存以上配置方可运行)。
    VASP计算新手礼包:基于CentOS 7.6 系统安装VASP 5.4.1
  5. 选择推荐项即可
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  6. 下一步
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  7. 该文件就是整个虚拟机的存储形式,用VMware workstation打开该文件就可启动你安装好的虚拟机系统,下一步
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  8. 点击新CD/DVD(IDE),在连接栏选择使用ISO映像文件,浏览→选择你下载的CentOS 7.6的镜像iso文件 ,然后关闭,点击完成。
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    3. Intel-parallel_studio XE 2019 安装

    (1)程序准备

    Intel-parallel_studio XE 2019可以在官网免费注册账户并下载(使用邮箱申请序列号以及license文件。在安装之前准备好有效的License文件,安装过程需要用到)。

    官网:https://software.intel.com/en-us/parallel-studio-xe

    (2)安装过程

    将Intel-parallel_studio XE 2019安装包与License文件一起放入虚拟机中,打开安装包所在目录终端界面,输入以下命令

    安装开始,具体操作步骤如下:

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  9. 输入 1 ,Enter回车,同意,接下来进入安装前的检查,等待几分钟;
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    5. 进入选择激活方式选择,输入2,回车,选择证书文件激活;
    VASP计算新手礼包:基于CentOS 7.6 系统安装VASP 5.4.1
    7. 输入证书文件的完整路径,回车,会显示激活成功,继续回车进入下一步;
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    回车
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    可以看到划线处的安装目录已更改,回车,进入安装;
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    11. 安装成功!
    VASP计算新手礼包:基于CentOS 7.6 系统安装VASP 5.4.1
  10. 输入 ,加入下列语句后,ESC,输入保存。

继续输入,再输入,屏幕显示hello,说明安装成功,如下图所示。

VASP计算新手礼包:基于CentOS 7.6 系统安装VASP 5.4.1

4. openmpi 3.1.3 的安装

网传可用Intel-parallel_studio XE 2019自带的mpi编译器及fftw库进行编译安装vasp,可惜笔者根据相关教程都未能成功编译,所以,本文教程仍然借助openmpi及fftw来编译vasp5.4.1。一开始,笔者尝试安装了openmpi最新版本4.0.0,可惜在最后编译VASP时会出现不明错误,因此openmpi仅更新至3.1.3 版本。

(1)程序准备

在终端页面输入 下载,完成后逐步输入以下命令:

注意:/public/software/openmpi-3.1.3为安装目录,可自行替换。

(2)环境变量设置

方法同上,在~/.bashrc中加入以下语句:

注意:安装路径如有不同请自行替换。
最后输入,更新环境变量。

(3)验证是否成功安装

  1. 输入which mpirun mpif90 检查环境变量是否设置成功,检查环境变量是否设置成功,成功则显示路径。
  2. 在openmpi-3.1.3安装包路径中(注意是安装包路径!!),输入以下命令:

出现以下界面则安装成功。

5. fftw 3.3.8的安装

(1)程序准备

在终端界面输入 下载,完成后逐步输入以下命令:

注意:/public/software//fftw-3.3.8 为安装目录,可自行替换。

(2)环境变量设置

方法同上,在~/.bashrc中加入以下语句:

注意:安装路径如有不同请自行替换。
最后输入,更新环境变量。

(3)验证是否成功安装

检查 “/public/software/fftw-3.3.8/lib/libfftw3_mpi.a”文件是否存在,若存在,则安装成功。

6. VASP 5.4.1 的安装

(1)程序准备

在网盘:https://pan.baidu.com/s/1J4ChvvxIkiCXSq19FOMJMw 提取码:ce6z
下载我已准备好的makefile.include、vasp.5.4.1、vasp.5.lib,将其放入/public/software/vasp/ (可替换为你的安装路径)下,进入vasp.5.4.1目录。

(2)makefile.include文件修改及安装

  1. 将makefile.include放入vasp.5.4.1目录下,在其中找到以下三行变量,将路径修改为自己的安装路径。

    MKLROOT =/public/software/intel/mkl
    OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /public/software/fftw-3.3.8/lib/libfftw3_mpi.a
    INCS =-I/public/software/fftw-3.3.8/include

例如,笔者Intel-parallel_studio XE 2019的安装路径为/public/software/intel/,fftw 3.3.8 的安装路径为/public/software/ffftw-3.3.8/,所以更改如上。
2. 输入开始安装编译VASP.5.4.1,如果编译过程出错,键入make veryclean清理上次编译失败的文件之后再进行新的尝试。
如果编译成功,将在/bulid/目录下分别存在/std/、/gam/、/ncl/三个文件夹,每个文件夹内都包含一个可执行的vasp文件,分别对应std、gam、ncl三个版的vasp程序。

(3)验证是否成功安装

  1. 任意准备四个输入文件INCAR、KPOINTS、POTCAR、POSCAR,打开该目录的终端界面,输入vasp程序路径:,直接运行std版VASP。
  2. 还可通过命令mpirun –allow-run-as-root -np 2 /public/software/vasp/vasp.5.4.1/build/std/vasp 运行std版VASP。
  3. 如果运行过程无报错,输出文件正常无误则安装成功。
  4. 经笔者亲测,该配置下编译的VASP5.4.1计算速率有所提升!成功达到目的!

四、 感谢

在摸索VASP5.4.1的安装过程中,感谢贡献以下资料的博主。
https://blog.51cto.com/dklwj/2146945
https://blog.csdn.net/qq_41881581/article/details/79893263
https://blog.csdn.net/donkeydog/article/details/84312795
https://blog.csdn.net/xinming_365/article/details/80048281
http://bbs.keinsci.com/thread-9366-1-1.html
http://blog.sciencenet.cn/blog-3311084-1137630.html
http://blog.sina.com.cn/s/blog_61fc08490102wylx.html
http://bbs.keinsci.com/thread-4267-2-2.html

一入VASP深似水,希望本文的教程能为刚入门倒腾VASP的小伙伴点亮前行路上的第一盏明灯吧~ 如果有幸被大佬看到本篇教程,如有改进之处,还请不吝赐教~

来源:子非鱼c

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