叶绿体边界区域可视化对比~irscope本地化、使用（图文教程）

前言

大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构，即由LSC、SSC以及一对IR区域构成，IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过irscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比，从而对该科/属的叶绿体的结构有一个更加宏观的认知。

一、获取工具

irscope是一个在线工具，网址为：https://irscope.shinyapps.io/irapp/

但是在线工具很不稳定，会经常会出现进网站很慢，或者运行时总是出错的情况，比如这样

可以参照这个教程将irscope本地化后使用

视频教程：IRscope的本地化使用方法~叶绿体基因组边界收缩扩张结果展示_哔哩哔哩_bilibili

二、利用R语言将irscope本地化

可能由于网站更新等缘故，本地化过程稍有不同

   首先进入网站：GitHub – AmiryousefiLab/IRscope: Tool for Inverted Repeat detection of the Plastid Genomes 

 点击后出现该页面，即为原代码

 以前是直接下载app.R文件，这里我并没有找到下载渠道。已将app.R文件上传于我的资源，可自行下载

打开Rstudio，点击File→Open File，打开app.R文件

 如果之前没有安装过随需要的安装包，需要先进行安装，下面是安装命令

将安装命令置于开头

如果不知道自己是否安装了对应的安装包，可以将光标置于library+对应安装包处，按ctrl+enter检查是否有该安装包

点击run app，下面开始安装

 运行结束后弹出irscope界面，就可以开始使用啦（泪目噗哈哈哈哈哈哈

三、irscope的使用

以本地化软件为例，展示该软件的使用

点击files upload

网页版是可以上载文件也可以输入accession number，但是我尝试了输入给的例子中拟南芥和烟草accession number，总是报错，于是选择上传目标物种的gb文件，一次最多上传10个

ssc选项是可以颠倒基因片段，一般不选

点击submit提交

耐心等待，直到出现这样一行字提示你可以下载了

这时候点击download

下载后打开文件就可以得到这样的图啦

（文件随便找的，第一个物种名称不对，不过不重要哈哈哈哈）

来源：钙小星