Nanopore 纳米孔 测序数据处理 微生物 16S全长 Centrifuge的安装和使用

linux Centrifuge 纳米孔测序 微生物 16S全长

EPI2ME在线网站处理

差不多2021.6这之前不用注册，后面要注册了。而且只对购买仪器的开发-555-

操作流程官方学习网站github

操作流程官方学习网站Centrifuge指南

官网也描述到用Centrifuge分类物种

本地服务器处理如下流程：

① 拿到公司提供给你fastq格式文件，进行barcode和质量过滤，裁剪，这部分参考宏基因组处理吧。我自己用了NanoFilt处理，FastQC质量评估

② 下载安装 github下载

网络不行就直接下载，解压后，拉进去服务器，体积小，很快。
切换到拉进去的文件夹 设置安装在的目录 /home/XXX/

设置PATH环境变量，也是启动软件的命令

③ 根据需求下载参考的序列的数据库 indexes下载地址

下面画红色的地方，找到你对应要的，16S直接右边的bacteria
== 建议用迅雷破解版的等等下载，15M每秒，比较快==

不能直接去掉那些hit小于500的，这些应该定义为unassigned。

bug提示，需要变量需要character

⑦ result.tsv的理解：readID重复的次数等于numMatches的个数（所以我们提取result的报告需要将numMatches全部转化成1）；seqID对应准确的taxonomy（但readID的hit是不同的，通过过滤hit，将相同的taxonomy合起来），而相同的readID对应不同的seqID（注意他们的hit是相同的，这里说明序列可能错误比对上多个物种的可能，而numMatces说明这个序列seqID比对上的多个，{下图3}，说明分配到种水平是不准确的，只能处理到属水平）

所以需要将numMatches全部转化成1。然后在seqID匹配上taxonomy。

继续⑦, 去掉重复匹配到多个种水平的序列后，==测序量的read序列数。24690

来源：qsub