Topic 6. 克隆进化之 Canopy

前五期的肿瘤可进化分析都是基于组织或血液检出的SNV和CNV，而这几年兴起的单细胞，越来越展露头角，自然，单细胞克隆进化也是目前的热点系列，接下来我们将介绍几款分析单细胞克隆进化的软件，也可以说是单细胞克隆进化的pepiline之一，即：

Canopy + Cardelino +RobustClone

Canopy：通过NGS测序评估肿瘤内异质性和追踪纵向和空间克隆进化历史。

癌症是一种由体细胞遗传和表观遗传改变的进化选择驱动的疾病。在这里，我们提出Canopy，这是一种通过一个或多个来自单个患者的样本的somatic variants 和表观变异来推断肿瘤进化系统发育的方法。该软件应用于纵向和空间实验设计的批量测序数据集，以及来自人类癌细胞MDA-MB-231的可移植转移模型。Canopy成功地识别了细胞种群，并推断出与现有知识和地面真相一致的系统发育。通过数值模拟研究，探讨了关键参数对反卷积精度的影响，并与现有方法进行了比较。

Canopy是一个开源的R包，https://cran.r-project.org/web/packages/Canopy 。

• 关于运行问题

这个软件包要想获得最后的结果，需要分四个步骤：

1. Markov chain Monte Carlo (MCMC)确定克隆个数；

2. Bayesian information criterion (BIC)确定最优个数；

3. 样本树的后验评估；

4. 克隆进化树的输出和绘图。

• Markov chain Monte Carlo (MCMC)确定克隆个数，如下图：

• 克隆进化树的输出和绘图，如下图所示：

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来源：桓峰基因