基础

conda简介

conda安装

miniconda下载官方镜像&国内镜像

下载：通常服务器在国内的选择清华或者北外，如果服务器在国外选择官网

浏览器搜索：ctrl+F

miniconda安装 安装七步走

1. 运行 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. 查看软件license

3. 同意license

4. 选择安装位置

5. 同意conda初始化

6. 重新加载~/.bashrc文件或者重新开shell窗口

7. 设置是否要默认启动base环境（可选）

conda基本使用

配置conda频道

现在提供anaconda镜像的国内大学镜像站点

清华大学：anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror

北京外国语大学：anaconda | 镜像站使用帮助 | 北京外国语大学开源软件镜像站 | BFSU Open Source Mirror

南京大学：NJU Mirror

上海交通大学：https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/

北京交通大学：Index of /anaconda/

若前面的镜像站点使用时出现问题，可以替换成此页的其他镜像站点搜教程时可能会出现“中科大conda镜像”但中科大镜像现已重定向至北外镜像

方法1

扩展阅读: 一个因为频道顺序引起的报错conda安装bowtie2的报错:undefined symbol – 简书

方法2

直接编辑~/.condarc文件

查看已添加的频道

conda config –get channels

conda config –show channels

删除已经添加的频道

vim ~./condarc

移动光标 dd

删除单个字母（如https中的s）：在命令模式下按x

创建独立环境

[y]在中括号里，此时可以不回答y，系统默认

*表示目前所在的环境

安装常用软件

我要用哪些软件呢/p>

1. 看你们实验室的祖传经验

2. 看文章里用什么 （看文献里）

哪些软件可以用conda安装呢/p>

方法1： 网站查询

Search :: Anaconda.org （第一推荐）

News — Bioconda documentation

方法2：conda search xxx

方法3： 关键词搜索

-c：channel的缩写

安装软件

如何判断安装完成

如何指定安装的版本

多个软件可以一起安装

安装时找不到这个包怎么办/strong>

1. 确认conda是否能安装你所需要的软件

2. 确认名字是否打错

3. 确认你要的包在conda中的名称

我安装了这个软件包但是调用不了是怎么回事/strong>

因为安装的软件包的名称和实际调用的程序不一定是同名的！

如何升级conda本身

conda的常用命令总结

更多命令请参见钉钉群里的“conda-cheatsheet.pdf”文件

mamba的使用

安装mamba

应用

conda安装报错

网络问题

一直在Solving environment/p>

s：seciurity

未下载完全

不要用奇奇怪怪的软件

作业

环境变量 用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量

常见环境变量：

$HOME：当前用户的主目录

$PATH：shell查找命令的目录列表由，冒号（:）分隔

$SHELL：bash shell的全路径名

$LOGNAME：当前用户的登录名

$PS1：shell命令行界面的主提示符

其他安装方式

二进制 binary 文件安装

1. 下载

2. 解压

3. 添加到PATH

相当于windows上的“绿色软件” 即开即用，开袋即食

源代码安装 source code

1. 下载

2. 解压

3. 编译三部曲

configure：检查系统，构建makefile

make：编译

make install：安装

4. 添加到PATH

java编译的软件

进阶

conda的进阶技巧

conda报错大赏

fastq安装报错解决参考 fastp 安装问题及解决方法 – 简书

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来源：wangchuang2017