微生物组-扩增子16S分析和可视化(线上/线下，本周开课，2021.7)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下会晤。

目前可以通报的信息：

扩增子线上/线下开课时间：2021/7/23-2020/7/25
转录组线上/线下开课时间：2021/7/30-2021/8/1
宏基因组线上/线下开课时间：2021/8/20-2021/8/22
报名链接：http://www.ehbio.com/Training/

图1. 易生信首创基于Win10优化的扩增子分析流程，笔记本秒变大数据分析平台

推荐使用Windows10系统，8G及以上内存分析更流畅。 我们也会分享给大家在Linux上配置整个分析流程的代码 (Mac跟Linux类似，无须区别对待，但部分软件可能安装方式不同，未做深入测试，不建议参加培训时使用）。

同时讲解生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识，保证你高效、稳定的使用扩增子分析平台。

图3. 16种常用图形的绘制。可使用我们的在线绘图工具实现。

为了让各种统计图片实现出版级的组图，特开设了一节Adobe Illustrator修图排版课，讲述基本使用技巧，轻松掌握精髓，让你文章图版档次向CNS看齐，轻松成为实验室的修图和拼图达人。

图5. 典型的扩增子结构模型图

扩增子背景知识

背景：国际微生物组(人类HMP、环境EMP)计划、中国微生物组计划
研究对象：人、动物、植物、环境
研究方法：培养组学、扩增子测序 (最常用)、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏表观组等
宏基因组学的研究热点：微生物多样性、宏基因组、培养组、肠菌与疾病、MWAS
扩增子基本原理：细菌/古菌 16S、真菌18S/ITS结构、引物选择等
实验设计：样品制备和建库中的误区
文章套路：扩增子分析SCI文章的物种组成、功能预测常用套路
主流方法优缺点比较：QIIME、QIIME2、mothur、Usearch-unois3、dada2等方法

扩增子分析流程

之前我们发布了基于QIIME(引用24000+)+USEARCH(引用14000+)组合的史上最详细中文扩增子分析流程，累计阅读10000+。

扩增子分析流程-把握分析细节

同时在2017年推出了2018年正式接档QIIME的最新流程QIIME2的官方中文帮助文档，累计阅读10万+。

QIIME2中文教程-把握分析趋势

想使用QIIME和QIIME2的小伙伴可直接点击上方链接学习。课上也会带大家用服务器操作，分享最新私人定制流程。

但上面两种分析流程仍有很多缺点，如需要Linux服务器，安装和操作复杂，学习时间成本过高等不足。

易生信团队组织宏基因组、生信宝典的一线生信专家，为广大生物学家，定制了一套安装部署简单、鼠标点击编程、支持主流操作系统、学习成本低、又灵活的扩增子分析流程，助力生物学家轻松分析数据，更专注生物学现象的挖掘。

图7. 常用宏基因组统计作图软件STAMP & LEfSe

引用过千次的STAMP绘制Extended barplot大家应该很常见，带你半小时速成。LEfSe引用超4000+次，它的柱状图和圈图随处可见，但服务器超级难用，即上传痛苦，又要久等。我们为学员定制了国内专享服务器，随时为你服务。有服务器的伙伴还可以获得安装和使用的教程，在自己的服务器上可重复计算，不受网络和地域限制自己随时随地使用。

四、可重复计算和统计绘图

对于可重复计算要求比较高、对细节有进一步分析要求的学员，我们还会教大家当前最顶级的R语言统计分析框架，让你零基础轻松实现可重复计算，满足顶级文章的代码公开和网页可重复要求(这些资源在生信公司是价格几十万的绝密流程代码，一般人是没有机会见到的)。

图9. 功能预测结果使用STAMP统计和可视化

对于不满足用KEGG功能预测和统计结果的小伙伴，我们还进一步讲解FAPROTAX (2016, Science)的分析，适合研究环境、元素循环的同行；此外还有BUGBASE分析，实现细菌代谢、厌氧性、革兰氏分类等表型预测，适合医学领域的同行使用。

图11. 两组网络比较、以及网络属性比较(Wang-2018-Gut)

还以为随便画个网络就能当文章的主图吗个时代早已成为历史。现在的高分文章，至少要求多网络比较，标配网络属性比较。在这里有微生物所微生物网络研究方向的博士，带你进入网络的世界，四步走实现即美观又有意义的网络分析：读懂网络——绘制单个网络——绘制多个网络——网络属性比较及可视化。这么前沿的技术，估计世界范围内只有这里会教你。