a,b 由 NCBI 分类法 (a) 和精选的 GTDB 分类法 (04-RS89) (b) 定义的分类群的 RED。每个数据点(黑色圆圈)代表根据其 RED 值(x 轴)和其等级(y 轴)分布的分类群。圆圈的填充颜色(蓝色、灰色或橙色)表明分类单元在基础基因组树中分别是单系的、可操作上的单系(定义为 F 值 >0.95)或多系的。叠加的直方图显示了每个 0.025 RED 间隔的单系、操作单系和多系分类群的相对丰度。蓝条表示RED值的中位数，两边的黑色条表示每个等级的RED区间(±0.1)。请注意，在 NCBI 分类法中，较高等级(目及以上)的值分布非常不均匀，以至于中位数无序；也就是说，纲的中位数 RED 值高于目的中位数。GTDB 分类法使用 RED 值来解决过度分类和分类不足的分类群，方法是将它们移动到新的内部节点(图中的水平移动)或将它们分配到新的等级(图中的垂直移动)。仅使用单系或操作单系分类群来计算每个等级的中位 RED 值。此外，对于GTDB 树(‘—min_children 2’)只考虑至少有两个子类的分类群(例如，一个门具有两个或更多的纲或一个纲具有两个或更多的目)；然而，NCBI树需要一种更宽松的方法(‘—min_children 0’)，因为除了 Euryarchaeota 外，没有一个 NCBI 门具有所需的最少两个纲。请注意，NCBI 图中未显示 Crenarchaeota 门，因为该 NCBI 门中的所有基因组都被分配到 Thermoprotei 纲，导致单个被称为“pCrenarchaeota；cThermoprotei’ (Tpr)的节点。此外，在 GTDB 04-RS89 中，Korarchaeota 仅由单个物种 Korarchaeum cryptofilum 表示，因此在此图中没有显示内部节点。RED 值是基于 ar122.r89 树计算的，从 122 个连接的蛋白质中推断出来，用 NCBI 或 GTDB 分类法描述。
c GTDB 和 NCBI 分类法的等级比较。图中显示了GTDB对比于NCBI在RefSeq/GenBank第89版中2,392个古菌基因组分类分配的变化。值得注意的是，153个通过质量控制(QC)的UBA基因组没有被包括在内(2,392-153 = 2,239)，因为它们没有进行 NCBI 分类分配。在左侧的栏中，如果分类单元在两个分类法中的名称相同，则该分类单元显示为未更改，如果 GTDB 分类法提供了 NCBI 分类法中不存在的名称信息(缺少名称)，则显示为被动更改，如果名称在两种分类法中不同，则显示为主动更改 。右栏显示了每个基因组的整个分类字串(由七个等级组成)的变化，表明大多数基因组在其分类法中既有主动变化，也有被动变化。
图 2 标记集、推理方法和模型的比较
Comparison of marker sets, inference methods and models
a-c,在 GTDB (a) 中实施的生根方法将 RED 计算为具有至少两个纲(红色箭头)的门的所有可能生根的中值，并将其与 DPANN 超门(红色箭头)和其余古生菌 (b)类别之间的固定根进行比较， 这转化为两个门 Thermoplasmata 和 Halobacteriota(红色箭头)与 GTDB 分类学中古生菌的其余部分之间的根(c);
在上方的 RED 图中，每个数据点(黑色圆圈)代表根据其 RED 值(x 轴)和等级(y 轴)分布的分类群。簇状直方图显示了每个 0.025 RED 区间的分类群的相对丰度，蓝色条显示了中间 RED 值，两侧的两个黑条显示了每个等级的 RED 区间 (±0.1)。请注意，总的来说，无论应用的生根场景如何，都可以根据其 RED 值来区分等级。此外，RED 值是相对的，不应直接在图之间进行比较，因为它们是特定于数据集的。相反，RED 值的分布是关键指标；也就是说，与每个等级 (ΔRED) RED 值的中位数的距离(正或负)。这些树包括一个标签，突出显示相应的 NCBI 门 Euryarchaeota (Eury) 作为参考点。
图 4 等级标准化古菌 GTDB 分类法
Rank-normalized archaeal GTDB taxonomy
由来：基因组分类数据库的标准化古菌物种分类；
命名的 GTDB 门、主要纲和选定的目与其相应的 NCBI 物种分类一起被列出。请注意，在 GTDB 和 NCBI 谱系不完全匹配的情况下，将提供匹配分类群数量最多的 NCBI 谱系。n.a.，未分配，表示在 NCBI 分类法中没有为该谱系分配等级。自RefSeq89(2018 年 7 月 13 日)发布至 2021 年 3 月 12 日，NCBI 分类法中已更新的名称在方括号中显示。
a,Nunoura等人建议为‘Ca. Aigarchaeota’
b,Kozubal等人建议为‘Ca. Geoarchaeota’,请注意，名称已在 GTDB 05-RS95 中更正为“o__Gearchaales”。
c,Castelle等人建议为‘Ca. Pacearchaeota’
d,Castelle等人建议为‘Ca. Woesearchaeota’
e,在 GTDB 05-RS95 中，名称已更正为“Aenigmatarchaeota”和“Aenigmatarchaeia”。
f,请注意，该谱系的等级在 NCBI 中被定义为“进化枝”。
图 5 Thaumarchaeota 的重新分类
Reclassification of the Thaumarchaeota
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来源：刘永鑫Adam
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