Geneious是一款综合性的生物信息学软件,用于分析和处理生物信息学数据,支持序列对比和系统学分析、引物设计、克隆和限制性分析、使用NCBI和EMBL,、BLAST、蛋白质结构查看、自动化医学搜索等功能。
下载安装
下载地址http://geneious.com/download包括Windows, Mac, and Linux版本。需要Java程序的支持。
Geneious主窗口
包括四个界面,来源面板,文件列表,文件视图与帮助面板。
数据来源面板
显示了保存的文件与提供的服务。可以查看自己的文件,进入NCBI(Gene, Genome, Nucleotide, PopSet, Protein, Pubmed, SNP, Structure and Taxonomy等数据库),进入EMBL(Uniprot.数据库),共享自己的数据库(需要安装),查看同事的数据库(需要安装)。
文件列表
显示了文件夹内各种类型的文件。点击文件在下面窗口可以看到内容,对类型相似的文件可以多选,共同查看。双击可以查看具体内容。可任意排序、调整。
文件视图
可以查看序列,比对,树,3D结构,文章摘要等。
会有以上几个选项,分别是分享、分屏浏览、充满窗口、新窗口、帮助。
帮助窗口
会显示实时帮助
工具条 具有许多功能,右键可以自定义
功能条
文件栏
新建文件夹、重命名文件夹、改变文件夹颜色、移动文件夹、删除、清除、恢复、全部清除、保存、另存为、下载、停止下载、备份文件、恢复备份、输出、导入、打印、保存为图像、退出编辑栏 撤销、恢复、剪切、复制、黏贴、黏贴(去注释)、黏贴反向互补序列、删除、全选、标注已读文件、标注未读文件、设定文件夹颜色、在文件中查找、查找上一项、查找下一项、查找重复、批量重命名、移至下一处不一致、移动到碱基
视图栏 后退、前进、历史、搜索、代理人(自动搜索科研进展)、下一个未读文件、显示选项、在新窗口打开文件、扩大视图、横向分屏、纵向分屏、文件窗口。
工具栏 比对、拼接、建树、引物、克隆、BLAST、添加/删除数据库、物种分类、16s多样性、提取注释、提取Mauve比对区域、移除比对列、连接序列或比对、提取一致序列(针对比对)、工作流程、插件、参数
序列栏 新建序列、提取区域、反向互补序列、翻译、撤销翻译、环形视图、自由gap比对、改变计数起点、转换RNA及DNA、设定reads用于拼接、设定read方向、按照ID切割序列文件、将多序列合并,按照列表提取序列
注释、预测栏 修整低质量序列、按照数据库来注释、查找ORF、搜索模体、查找变异/SNP、查找低/高覆盖区域、计算表达量、比较表达水平、翻译注释、比较注释、优化密码子
帮助栏 帮助、教程、在线资源、检测更新、获得支持、激活、安装生产管理软件系统、使用流动号、解除激活、在线购买、有关Geneious。
导入、输出和查找
从硬盘导入序列
点击File → Import → From file.
输入格式
输入格式支持几乎所有格式
Format
Extensions
Data types
Common sources
BED
*.bed
Annotations
UCSC
Common Assembly Format
*.caf
Contigs
Sequencher
Clustal
*.aln
Alignments
ClustalX
CSFASTA
*.csfasta
Color space FASTA
ABI SOLiD
DNAStar
*.seq, *.pro
Nucleotide & protein sequences
DNAStar
DNA Strider
*.str
Sequences
DNA Strider (Mac program), ApE
Embl/UniProt
*.embl, *.swp
Sequences
Embl, UniProt
Endnote (8.0 or 9.0) XML
*.xml
Journal article references
Endnote,Journal article websites
FASTA
*.fasta, *.fas, etc.
Sequences, alignments
PAUP*,ClustalX, BLAST, FASTA
FASTQ
*.fastq, *.fasq
Sequences with quality
Solexa/Illumina
GCG
*.seq
Sequences
GCG
GenBank
*.gb, *.xml
Nucleotide & protein sequences
GenBank
Geneious
*.xml, *.geneious
Preferences, databases
Geneious
Geneious Education
*.tutorial.zip
Tutorial, assignment etc.
Geneious
GFF
*.gff
Annotations
Sanger Artemis
MEGA
*.meg
Alignments
MEGA
Molecular structure
*.pdb, *.mol, *.xyz, *.cml,
*.gpr, *.hin, *.nwo
3D molecular structures
3D structure databases and programs
Newick
*.tre, *.tree, etc.
Phylogenetic trees
PHYLIP, Tree-Puzzle, PAUP*, ClustalX
Nexus
*.nxs, *.nex
Trees, Alignments
PAUP*, Mesquite, MrBayes & MacClade
PDB
*.pdb
3D Protein structures
SP3, SP2, SPARKS, Protein Data Bank
Documents, presentations
Adobe Writer, LATEX, Miktex
Phrap ACE
*.ace
Contig assemblies
Phrap/Consed
PileUp
*.msf
Alignments
pileup (gcg)
PIR/NBRF
*.pir
Sequences, alignments
NBRF PIR
Qual
*.qual
Quality file
Associated with a FASTA file
Raw sequence text
*.seq
Sequences
Any file that contains only a sequence
Rich Sequence Format
*.rsf
Sequences, alignments
GCGs NetFetch
Comma/Tab Separated Values
*.csv, *.tsv
Spreadsheet files
Microsoft Excel
SAM/BAM
*.sam, *.bam
Contigs
SAMtools
Sequence Chromatograms
*.ab1, *.scf
Raw sequencing trace & sequence
Sequencing machines
VCF
*.VCF
Annotations
1000 Genomes Project
Vector NTI sequence
*.gb, *.gp
Nucleotide & protein sequences
Vector NTI
Vector NTI/AlignX alignment
*.apr
Alignments
Vector NTI, AlignX
Vector NTI Archive
*.ma4, *.pa4, *.oa4,
Nucleotide & protein sequences,
*.ea4, *.ca6
enzyme sets and publications
Vector NTI
Vector NTI/ContigExpress
*.cep
Nucleotide sequence assemblies
Vector NTI
Vector NTI database
VNTI Database
Nucleotide & protein sequences,
enzyme sets and publications
Vector NTI
从公共数据库导入数据
可以从NCBI和UniProt下载数据,搜索起来很方便
输出文件格式
输出格式有很多
Data type
Export format options
DNA sequence
FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious
Amino acid sequence
FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious
Chromatogram sequence
ABI, Geneious
Sequence with quality
FastQ, Qual, Geneious
Annotation
GFF, BED, Geneious
Multiple sequence alignment
Phylip, FASTA, NEXUS, MEGA, Geneious
Assembly
Phrap ACE, Geneious, SAM/BAM
Phylogenetic tree
Phylip, FASTA, NEXUS, Newick, MEGA, Geneious
PDF document
PDF, Geneious
Publication
EndNote 8.0, Geneious
Graphs
CSV, WIG
Document Properties
CSV, TSV, Geneious
管理本地文件
文件种类包括序列文件、引物文件、酶文件、染色体文件、contig、蛋白序列、发育树、3D结构、序列比对文件、文章、pdf、其他
可以搜索和过滤文件
创建、查看和编辑序列
序列视图
基因组视图
侧控制栏:普通、图像、表格、注释、实时注释和预测、限制性分析、其他、统计
显示核酸、互补链、翻译,可选密码子与蛋白质颜色 显示碱基、GC含量等 显示注释 可以进行注释和基因预测
可以显示限制性酶切位点 调整各种显示细节
实时统计所选区域的碱基、氨基酸、密码子使用等情况
来源:科研日精进
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