学术大牛都用哪些文献整理工具？| 学术工具箱

工欲善其事，必先利其器！以下是学术大牛们推荐的文献整理工具，也许能让你写起论文来事半功倍！

但是，阅读文献时提取和整理信息是第一位的，可千万别陷入捣鼓软件的时间黑洞，本末倒置啊！

来源 | 知乎

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知乎用户：nerfing

我认为整理文献的主要目的就是：能够在任何条件下，快速找到所需信息。任何好用的软件，都不如大批量多批次的文献阅读。

我的思路是：轻整理，重搜索。轻整理，是指不对文献分类，或者只是对文献简单分类。重搜索，是指利用不同的搜索工具，快速定位到我需要的文献。我认为在现在搜索技术已经很强大的情况下，如果利用笔记等手段整理，反而容易造成条条框框，在对于一篇文献关注太长的时间，不利于提高效率。在日常使用中， 除了在文献PDF上直接标注，我很少用其他的软件去记录我看过的文献。因为除了文献本身，其他还有什么载体能够那么直接方便地记录呢？所以整理文献问题就成了：如何快速找出那篇有我笔记的PDF文献。以此为目的，我建立了一套以文献PDF云同步为基础，辅以大量搜索工具的文献整理方案。

其实做过科研工作的人都会发现，真正需要把一篇文献从头到尾读完的情况是很少的。在大多数情况下，我们需要的其实是大批量多轮次地阅读文献，因为在一个项目的不同阶段，哪怕是同一篇文献，所关注的点也是不一样的。如果在项目初期，就对所有的文献，都投入同样的时间，阅读同样的深度，势必会浪费大量时间和做无用功。我曾经也走过文献整理的弯路，每阅读一篇文献，都会在Onenote上建立一个条目，按照文献题目、创新点、实验过程、个人感想等分别填空。但是文献读的多了之后，这个方法我觉得效率不高，用的频率也越来越少了。

我现在的主要方法是：以Mendeley建立电子文献索引为主，并以云端同步PDF文献为主要储存手段，通过Everything、Google Scholar、桌面搜索软件、Onenote笔记等多种搜索手段，快速找到自己所要的信息。

重搜索部分

在新项目（写一篇综述，开始一个新课题或者完成一份大作业）开始之前，我会在Mendeley中根据不同项目，建立一个新文件夹。

一个项目刚开始的时候，文件夹中没有文献，就需要先建立一份本地的文献原始积累。我习惯在Web of Science上根据关键词去找所需要的文献。

比如我现在想看一下微流控单细胞测序（microfluidic single cell sequencing）最近的进展时，就去WoS搜：

总共有214篇文献。我会把214篇文献的题目先全部浏览一遍，其中大概100篇需要下载看一下PDF。最后我会剩下大概50篇左右PDF，拖进Mendeley，建立原始的文献积累。Mendeley会自动提取文献信息，按照文献的发表年份、期刊和文章题目将文献重命名，并将该文献自动整理到指定文件夹中，完成文献的原始积累。

我用Mendeley而不是Endnote做文献索引，主要是因为：Mendeley是我用过所有的文献整理软件中，提取文章题目，发表年份和期刊等信息最准确和方便的软件。看到一篇有意思的文章，我只需要往Mendeley中一拖，它就会帮我自动提取文献信息建立条目，并将文件拷贝到指定文件夹中。其他的软件，要么是提取文献条目的准确度不高，要么就是建立文献条目非常麻烦，需要花大量的时间去建立条目，大大降低文献阅读效率。

我又将这个Mendeley的文件夹中所有文献用Dropbox同步。之后我要看文献时，只从这个文件夹中打开文献。这样做的好处就是，把所有的文献和笔记信息全部集中化了，不会造成信息碎片。

做笔记我也只在PDF上做，这样就不用另外开一个软件写笔记，并可以对自己感兴趣的信息直接标注，实现信息最大程度集中化。哪怕打印了纸版的文献，我在看完后也会把纸版上的笔记全部在PDF上标注，避免信息碎片化。

我看一篇文献，除了一些世界上的顶尖超级大牛，一般记不住作者的名字，但是我一般会对文章发表年份和所在期刊有很深的印象，而且一般题目又提供了文章中最主要的信息。所以我设置Mendeley自动根据文献的三个强信息：发表年、发表期刊和文章题目自动重命名，并结合Everything，在本地实现文献的第一重搜索。

如果搜索目标很明确，比如我现在想找一篇之前在Nature Drug Review上看过的关于drug combination的文章，由于关键词很明确，用Everything直接就从本地找到了，耗时不超过3秒。

如果搜索目标不那么明确，比如题主说的，“总感觉有些文献读过就忘记了，想用的时候想不起来”；或者找找一些特定的问题，不确定本地文献有没有。这个时候我一般会把所有能想到的关键词输入，上Google Scholar搜索。

这个时候，可能会找到一些文献在本地是有的，那就可以根据文献名，用Everything快速在本地找到对应的文献。

如果一些文献本地没有，那就直接下载PDF，阅读后在Mendeley建立本地索引。

如果想要搜索特定一句话，或者在写文章的时候想对一些说法进行佐证，就可以用Mendeley的搜索工具，

或者还是上Google Scholar：

轻整理部分

之后随着时间的流逝，一个文件夹下的文献慢慢变多，这个时候就需要在Mendeley中建立子文件夹了（对于我来说，每个项目中前前后后需要阅读的文献大概在300篇左右），也就是传统意义上的整理。但是我不赞成把文献归类做的过细。对一个项目下简单分类，使每个子文件夹中的文献大概不超过50篇，再通过发表年份，期刊名，作者名等信息，也可以很容易找到所需的文章了。

但是我现在不会等文献很多了之后再去建立子文件夹，而是会在平时读文献的时候，根据一个项目下的不同问题，建立一些小的分类。在Mendeley中，同一篇文献是可以归属不同的文件夹的，所以在归文件夹的时候也不用那么纠结。

最后，我想说的是，任何文献整理软件都不能代替人对文献的阅读，任何时候读文献中信息永远是第一位的。整理软件只能够帮助更加快速地找到所需的信息而已。

知乎用户：乔智

分享一下我整理文献的心得，我也是在不断摸索中，希望对各位有所启发。

系统：MacOS

收集文献：DEVONthink pro

目的：替代Mac Finder，收集整理文献

功能：上图是我的DEVONthink页面，介绍一下基本功能——

a. 文件可以以相同或者不同的名称储存在同一个或者不同的文件夹；

b. 文件可以进行不同的标记（Label）和标签（Tag），我把标记用来表示重要程度（待读、当下可用、重要等），标签则涵盖核心信息；

c. 文件可以复制（Duplication）和建立替身（Replication），后者对一个替身文件的修改可以实现在所有文件上。我在文件夹中有Chapter3，这是我正在进行中的论文，我将我需要的文章全部替身到这个文件夹里，完成后再把这个文件夹里的替身全部删掉，但是我阅读的修改和标记已经全部在我的文献中保存了；

d. 左下方紫色文件夹为智能文件夹（Smart Group），可以自定义软件中任何一个规则，我仅仅是作为汇集标记的文件夹；

e. 可以将网页截屏为网页格式，或者pdf格式，平常看到有用信息可以立刻保存。

适用半个月，非常方便，还有更多更加细节的功能，这里只是一些最基础功能。

管理文献：Zotero

目的：直接形成参考

优势：

a. 可直接拖曳pdf，自动抓取元数据，导入参考信息；

b. 可输入书号，自动生成参考信息；

c. 可安装插件，显示参考数量。

补充：原本用Zotero整理文件，所以建立了文件夹，但是在用DEVONthink之后，就放弃在Zotero里继续整理了，通过插件在Word中可以很轻松的实现查找和输入。

管理笔记：Circus Ponies Notebook

目的：记录笔记，形成主题，安排提纲

功能：

a. 收集笔记：

a1. 上图是我的笔记本和主题本，按照“作者_年份_名称”命名，前面标“*”号代表需要归纳整理；

a2. 截图是某一篇期刊的内容，我将期刊分为摘要，摘录，总结，分别记各类信息：

b. 形成主题：

b1. 上图是我的主题页面，我将所有读过的文献全部整理到了不同的主题之下，以此建立自己知识体系，并且方便以后查看；

b2. 侧面是参考，告知我具体信息从何而来。

c. 安排提纲

c1. 上图是我为最近写作的论文安排的提纲页面；

c2. 不同的信息由笔记和主题以及持续的阅读中丰富提纲，基本上提纲建立完成，按照顺序写作也就可以了，侧面仍是“作者_年份”的参考信息。

总结

这是我用来整理文献和收集笔记的三个基本工具，也仅仅介绍了最最基本的功能，希望各位可以从中开发更多功能，养成更符合自己的习惯。

PS：一个小典故

为了发现文本之中隐藏的联系，罗兰·巴特总是会将自己的所有读书卡片完全打乱任意排列，然后在所有这些被打乱、重置的片段中寻找灵感，重新建构文本之间的逻辑。

知乎用户：menz

个人推荐软件组合：

文献总结整理：Endnote

文献阅读：网页版Fulltext

做笔记：Onenote

为什么使用这几个软件？因为这样最符合我的需求。

我们的需求是什么？

阅读文献的时候：

排版舒服容易阅读（网页版和PDF都合适）

不懂的内容，即时Google（网页版较合适）

例如，内容中出现：“xxxxx[11]”。我希望马上看看这个参考文献[11]是什么。pdf版太烦了——要拖下去找这个参考文献[11]，然后再滚上来，忘了刚刚看到哪了。这点（大部分文献的）网页版就很好，鼠标虚指一下[11]这个链接，参考文献的citation信息就显示出来，再点一下，直接就可以打开这个参考文献的页面（如图）。

在内容中highlight关键部分：IE可用Imarkup扩展；Firefox可用Wired-Marker（如图）。高亮记录永不丢失，并可搜索。

阅读的同时做笔记：Onenote可贴到屏幕右边，记录你的总结和火花。如果使用IE，Onenote还可以自动记住你是在阅读原文哪一段时做的这一句笔记。

所以，我阅读文献采用网页版，笔记采用onenote。

做文献整理的时候：

我对文献整理软件的唯一需求，就是能快速找到想要的那一篇/几篇文献。想找哪篇找哪篇，忘了关键信息也能找到，模糊检索也能找到。想象以下场景：

我想找那篇之前读过的（标记已读/未读功能）；

2005年发表的（排序功能）；

分组在”Crystallography”组的（分组功能）；

曾被我标记了”mTOR”标签的（标签功能）；

忘了是题目还是内容中含有”pET28a”的（全文内搜索功能）的文献

满足所有这些功能的，我知道的只有Endnote和Mendeley（可能还有别的软件）。我选择了Endnote。另外，把Endnote文件放在OneDrive/Dropbox等文件夹里，还可实现同步。

综上所述，我的选择是网页版阅读+Onenote笔记+Endnote整理。

本文整理自：

知乎问题：“如何总结和整理学术文献？”

原文链接：
https://www.zhihu.com/question/26901116

内文配图均来自答主

封面图来源：@好英俊的男子

来源：数洞社媒